工程碩士與工學碩士兩者屬于不同的教育體系。工程碩士教育側重于工程素質培養和工程實踐能力訓練；工學碩士是我們一般所說的統招工科類研究生，側重于基礎理論學習和學術研究。

工學碩士，指須參加1月份舉行的全國碩士統一招考，有碩士學位證書與學術型學位，其目的是培養具有扎實理論基礎，并適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。專業學位與學術型學位處于同一層次，培養規格各有側重，在培養目標上有明顯差異。學術型學位按學科設立，其以學術研究為導向，偏重理論和研究，培養大學教師和科研機構的研究人員；而專業學位以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專門技術上受到正規的、高水平訓練的高層次人才。專業學位教育的突出特點是學術型與職業性緊密結合，獲得專業學位的人，主要不是從事學術研究，而是從事具有明顯職業背景的工作，如工程師、醫師、教師、律師、會計師等。專業學位與學術型學位在培養目標上各自有明確的定位，因此，在教學方法、教學內容、授予學位的標準和要求等方面均有所不同。

工程碩士分為全日制工程碩士和GCT工程碩士。工程碩士專業學位是與工程領域任職資格相聯系的專業性學位，它與工學碩士學位處于同一層次，但類型不同，各有側重。工程碩士專業學位在招收對象、培養方式和知識結構與能力等方面，與工學碩士學位有不同的特點。工程碩士專業學位側重于工程應用，主要是為工礦企業和工程建設部門，特別是國有大中型企業培養應用型、復合型高層次工程技術和工程管理人才。