南京大學醫學院的前身為中央大學醫學院，創建于1935年，1949年解放后改名為南京大學醫學院，1951年劃歸部隊系統，1987年經教育部（原國家教委）批準重建，成為教育部直屬的第一所綜合性大學七年制醫學院。醫學院現任院長為國際著名腎臟病專家，我國杰出臨床醫學科學家，南京軍區南京總醫院副院長、中國工程院院士劉志紅教授。
本院現設臨床醫學（八年制）、基礎醫學（七年制）、口腔醫學（七年制）三個專業，擁有臨床醫學和基礎醫學兩個一級學科博士點及口腔醫學一個一級學科碩士點，有生理學、內科學、外科學3個二級學科博士點和臨床醫學博士后流動站，其中普通外科學為國家重點學科。南大醫學院是中國內地高校中唯一只設醫學碩士和博士專業、而不設本科專業的醫學院。醫學院現有南京大學醫學院附屬鼓樓醫院、南京大學醫學院附屬金陵醫院（南京軍區總院）、南京大學醫學院附屬口腔醫院等3所附屬三級甲等醫院。
本院辦學方針是小規模、研究型、國際化，目標是培養未來醫學領軍人才，辦學理念和人才培養獨具特色。2012年入選教育部“卓越醫生培養計劃-拔尖創新人才培養計劃”，開始試辦八年制醫學教育，目標是培養杰出的領導型臨床學家和醫學科學家，辦學理念和人才培養獨具特色。
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