安徽醫科大學研究生學院是安徽醫科大學研究生教育的主管部門，設有招生辦公室、培養辦公室、學位辦公室、年級辦公室、就業辦公室、總支辦公室、學院辦公室等科室。截至2006年9月，學校現有藥理學、皮膚病與性病學、老年醫學、流行病與衛生統計學、免疫學、內科學、神經病學、兒少衛生與婦幼保健學8個博士學位授權學科和64個碩士學位授權學科，設有臨床醫學、藥學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站，具有臨床醫學專業碩士學位和公共衛生專業碩士學位（MPH）授予權，還有1個七年制本碩連讀專業（臨床醫學）。
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