東南大學醫學院位于風景秀麗的南京市玄武湖畔，高校群集的市中心。醫學院前身為創建于1935年的中央大學醫學院，其后又歷經南京大學醫學院、中國人民解放軍第五軍醫大學、南京鐵道醫學院等重要時期。
2012年，該院獲批為全國第一批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校，承擔了拔尖創新醫學人才培養模式改革試點和五年制臨床醫學人才培養模式改革試點兩個項目。
根據2015年8月學院官網顯示，該院設有20個學系，15個研究中心或研究所，和3個省部級重點實驗室，高水平臨床教學基地10余家。
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