山西醫科大學的前身是山西醫學傳習所，創建于1919年。學校多次易名，數次遷址。1932年1月，改為私立山西川至醫學?？茖W校。1940年3月，更名為山西大學醫學專修科。1946年8月，升格為國立山西大學醫學院。新中國成立后，學校步入了一個嶄新的發展時期。1953年9月，獨立建校，更名為山西醫學院。1955年全國高校院系調整時，山西、江蘇、山東、浙江四所醫學院的衛生系合并組建了山西醫學院衛生系，成為全國保留有衛生系的六所高等醫學院校之一，并由全國著名衛生學專家、國家一級教授、原江蘇醫學院院長邵象伊擔任院長。1996年4月，更名為山西醫科大學。
山西醫科大學研究生學院是山西醫科大學研究生培訓基地?？蒲辛α啃酆?，實驗條件優越。是山西省首批博士學位授權單位，全國臨床醫學專業碩士學位、公共衛生專業碩士學位試點單位。