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　　研究所的前身為中國科學院長沙農業現代化研究所，是中國科學院專門從事亞熱帶生態環境與區域農業研究的國立研究機構,研究所系“第三世界科學院-聯合國教科文組織（TWAS-UNESCO）準會員計劃”優秀研究中心成員。
　　研究所主要研究方向為：農業生態系統格局與過程調控、畜牧健康養殖與農牧系統調控技術、作物耐逆境分子生態學機理及其品種選育。包括亞熱帶區域農業生態系統格局與發展模式、農業生態系統物質循環調控，作物耐逆境的分子生態學機理、耐逆境雜種優勢利用與品種選育、集約型養豬業產品健康與環境安全，亞熱帶農牧系統草食畜牧業健康養殖等創新研究內容。根據主要研究方向設置了三個研究中心，擁有院省共建的農業生態工程重點實驗室。分別在湖南桃源、廣西環江和湖南岳陽部署了3個生態試驗站，其中，桃源農業生態試驗站和環江卡斯特生態試驗站為國家級臺站，洞庭湖濕地生態試驗站為新建的所級臺站。
　　研究所為碩士研究生提供600元/月的助學金，為博士研究生提供1000元/月的助學金，并為每位在讀研究生提供200元/月的研究助理津貼（第二學年起）；對研究生還提供中國科學院獎學金（1/4的學生可擇優享受450元/月的獎學金）；招收的研究生均為中國科學院公費。研究所導師隊伍強大，課題經費充足，科研設施完善，工作條件優越，研究生公寓條件舒適。從2009年起，研究生招生統一在北京招生，統一由北京下達招生計劃，學生入學戶口統一落戶北京，但仍在本所集中培養。
　　招生專業：生態學（博士和碩士點）、動物營養與飼料科學（碩士點）