馬克思主義學院的前身是1986年成立的馬列主義教研部。2016年2月，入選湖南省重點建設思想政治理論課教學科研機構。2016年3月，學校正式成立馬克思主義學院。
學院下設5個教研室。現有專職教師28人，其中教授4人、副教授10人；博士9人，博士后1人。現有馬克思主義理論一級學科碩士學位點1個，湖南省中國特色社會主義理論體系研究中心湖南中醫藥大學研究基地1個，湖南省思想政治工作研究基地1個。
近三年，馬克思主義學院以建設省級重點思政機構為契機，大力加強學科建設和隊伍建設，探索“一體四翼”教學改革模式，積極開展體現中醫院校特點的馬克思主義理論研究、理論教育和宣傳普及，大力推動黨的十九大精神與習近平中國特色社會主義思想進教材、進課堂、進學生頭腦，在建設成為省內先進、國內知名、同類院校有較大影響的馬克思主義理論研究、教育、宣傳陣地這一建設目標上已取得顯著的階段成果。