內蒙古農業大學計算機與信息工程學院于1999年4月由原內蒙古農牧學院計算機系和原內蒙古林學院基礎部計算機教研室合并組建而成。原內蒙古農牧學院計算機系是在原內蒙古農牧學院計算中心的基礎上成立的，于1994年9月開始招收計算機應用與維護專科生，1996年1月建系并開始招收計算機及應用本科專業和計算機教育本科專業學生。

學院現有農業信息技術二級學科博士點，計算機科學與技術一級學科碩士點，農業工程與信息技術領域農業碩士點；設有計算機科學與技術、軟件工程、網絡工程、物聯網工程、數據科學與大數據技術5個本科專業；建有14個專業實驗室、9個公共課實驗室、3個研究中心、1個農牧業大數據研究與應用自治區重點實驗室和1個大學生創新創業中心；分別在上海、北京、大連等地與知名IT企業建立實習實訓教學基地。
學院現有教職工75人，其中教授9人，副教授22人，博碩士生導師12人，具有博士學位的教師18人，具有海外經歷的教師27人，自治區優秀留學回國人員2人，自治區級和校級教學名師各2人，入選自治區“321”人才工程3人。現有在校本科生1391人，研究生60人。
學院承擔省部級教改項目8項，獲得國家級教學成果獎1項、自治區級6項；擁有自治區級品牌專業1個，自治區級實驗教學示范中心1個，自治區優秀示范課程1門，自治區級精品課程5門；編寫規劃教材20余部；學院主持和參加完成國家級和各部委立項的科學研究項目共40多項；獲得省部級科技進步獎5項；發表SCI、EI、中文核心學術論文共200余篇；學生獲得省部級以上科技創新獎50余項。20多年來共培養畢業生3000余名，分布在各行各業，為學校贏得了良好的社會聲譽。