上海交通大學從1931年起培養研究生，是國內最早招收研究生的大學之一。經國家批準，上海交通大學于1984年4月試辦研究生院，并于1996年2月首批被批準正式成立研究生院。目前，已建立了哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、軍事學、管理學等全部12個學位門類的研究生培養體系，現有一級學科博士點22個，二級學科博士點147個（其中26個為自設博士點），共涉及63個一級學科；一級學科碩士點18個，二級學科碩士點267個，碩士專業學位授權點共11個（工商管理碩士（MBA、EMBA）、會計碩士（MPAcc）、公共管理碩士（MPA）、法律碩士（J. M）、獸醫碩士、風景園林碩士、農業推廣碩士（種植、農村與區域發展）、臨床醫學碩士（M.M）、口腔醫學碩士（S.M.M）、翻譯碩士（M.T.I）、工程碩士），博士專業學位授權點2個（臨床醫學博士（M.D）口腔醫學博士（S.M.D））
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