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　中國科學院亞熱帶農業生態研究所的前身是中國科學院桃源農業現代化研究所，1978年6月在湖南省桃源縣成立，1979年遷至長沙市并更名為中國科學院長沙農業現代化研究所，2002年5月進入中國科學院知識創新工程試點序列，2003年10月更為現名。現有職工280人，其中研究員30名、副高級專業技術人員51名。設有生態學博士、碩士學位授予點和動物營養與飼料科學以及環境工程碩士學位授予點，生態學博士后科研工作站、流動站。
　　研究所學科方向為亞熱帶復合農業生態系統生態學，重點開展農業生態系統格局與過程調控、畜禽健康養殖與農牧系統調控技術和作物耐逆境分子生態學機理及其品種選育a等三個方面的研究，目前設有區域農業生態、畜禽健康養殖、作物耐逆境分子生態等三個研究中心，擁有中國科學院亞熱帶農業生態過程重點實驗室、農業生態工程湖南省重點實驗室和湖南省畜禽健康養殖與環境控制工程中心，設立有桃源農業生態系統觀測研究站、環江喀斯特生態系統觀測研究站、洞庭湖濕地生態系統觀測研究站、長沙農業環境觀測研究站等4個野外站。