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截至2013年底，學院有國家中醫藥管理局“十二五”重點建設學科2個，廣西高校重點學科3個，廣西衛生重點建設學科1個；有2個為碩士授權一級學科。
國家中醫藥管理局“十二五”重點建設學科：中醫康復學 、中藥化學 
廣西高校重點學科：生物化學與分子生物學、人體解剖與組織胚胎學、小兒腎臟病學
廣西衛生重點建設學科：神經病學
碩士授權一級學科：臨床醫學、基礎醫學