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2002年和2007年，學校先后兩次在教育部組織的本科教學工作水平評估中獲得“優秀”成績；2010年12月，中醫學專業通過教育部試點認證；2016年，物理治療學（PT）和作業治療學（OT）兩個培養方向分別通過世界物理治療聯盟（WCPT）、世界作業治療聯盟（WFOT）的認證。
據2017年1月學校官網信息顯示，學校擁有3門國家級精品課程、4個國家級特色專業、1門國家級雙語教學示范課程、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2門國家級精品視頻公開課、3門國家級精品資源共享課、1個國家級專業綜合改革試點、2項國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目、5個省級實驗教學示范中心、1個國家級大學生校外實踐教育基地和92項國家級大學生創新創業訓練計劃項目；在近兩屆教學成果評選中獲國家級二等獎1項，省級特等獎3項、一等獎5項、二等獎9項。
國家級精品課程：康復護理學、中醫診斷學、中醫骨傷科學基礎 
國家級特色專業：中醫學、針灸推拿學、護理學、中西醫臨床醫學
國家級雙語教學示范課程：經絡俞血學
國家級人才培養模式創新實驗區：中醫師承人才培養模式創新實驗區
國家級精品視頻公開課：中醫健康理念、經絡養生一點通 
國家級精品資源共享課：康復護理學、中醫診斷學、中醫骨傷科學基礎
國家級專業綜合改革試點：中醫學 
國家級大學生校外實踐教育基地：福建中醫藥大學附屬人民醫院 
省級實驗教學示范中心：中藥學實驗教學中心、中西醫臨床技能實踐教學中心、中西醫結合基礎醫學實驗教學中心、中西醫護理技能實踐教學中心、康復實踐教學中心

學科建設
據2017年1月學校官網信息顯示，學校有2個博士學位授權一級學科，17個博士學位授權點，有6個碩士學位授權一級學科，46個碩士學位授權點，有4個碩士專業學位類別；有2個博士后科研流動站；有國家中醫藥管理局重點學科20個、福建省重點學科7個、福建省特色重點學科2個。
博士學位授權一級學科：中醫學、中西醫結合
碩士學位授權一級學科：中醫學、中西醫結合、臨床醫學、藥學、中藥學、護理學
碩士專業學位類別：中醫學、中藥學、藥學、護理學
博士后科研流動站：中醫學、中西醫結合
國家中醫藥管理局重點學科：傷寒學、中醫文獻學、方劑學、中醫診斷學、中醫脾胃病學、中醫骨傷科學、中醫康復學、中醫護理學、針灸學、中藥化學、中西醫結合臨床、內經學、中醫急診學、中醫養生學、推拿學、中藥分析學、臨床中藥學、中西醫結合基礎、中醫心理學、中醫預防醫學
福建省重點學科：中西醫結合、護理學、康復醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、中醫學
福建省特色重點學科：中西醫結合、臨床醫學（康復醫學方向）