南京農業大學研究生招生專業目錄
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| 70 | 河海大學 | 水利工程、環境科學與工程 |
| 71 | 江南大學 | 輕工技術與工程、食品科學與工程 |
| 72 | 南京林業大學 | 林業工程 |
| 73 | 南京信息工程大學 | 大氣科學 |
| 74 | 南京農業大學 | 作物學、農業資源與環境 |
| 75 | 南京中醫藥大學 | 中藥學 |
| 76 | 中國藥科大學 | 中藥學 |
| 77 | 南京師范大學 | 地理學 |
| 78 | 浙江大學 | 化學、生物學、生態學、機械工程、光學工程、材料科學與工程、電氣工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、農業工程、環境科學與工程、軟件工程、園藝學、植物保護、基礎醫學、藥學、管理科學與工程、農林經濟管理 |
| 79 | 中國美術學院 | 美術學 |
| 80 | 安徽大學 | 材料科學與工程（自定） |
截至2018年3月，學校有32個碩士授權一級學科、15種專業學位授予權、17個博士授權一級學科和15個博士后科研流動站；學校還擁有作物學、農業資源利用、植物保護和獸醫學等4個一級學科國家重點學科，蔬菜學、農業經濟管理和土地資源管理等3個二級學科國家重點學科，食品科學被列為國家重點（培育）學科，有8個學科進入江蘇高校優勢學科建設工程，7個學科入選國家高等學校學科創新引智基地（111計劃）。
ESI
基本科學指標數據庫ESI（Essential Science Indicators）世界排名前1%的學科共有7個：農業科學、植物與動物學、環境與生態學、生物與生物化學、工程學、微生物學、分子生物學與遺傳學。
其中，農業科學、植物與動物學ESI世界排名前1‰.
注：基本科學指標數據庫（ESI）排名前1%的學科一般被視為國際高水平學科，而進入ESI排名前1‰的學科一般被認為已經達到國際頂尖水平。
學科建設平臺
世界一流學科建設學科
作物學、農業資源與環境
985工程優勢學科創新平臺
平臺名稱：高效農業與食物安全優勢學科創新平臺
包含重點學科領域有：作物品種創新與優質高產、農作物生物災害控制與生物安全保障、農業廢棄物資源利用與農田生態環境保護、動物健康與動物源食品質量安全控制、食物安全的政策保障與可持續管理。
“2011計劃”協同創新中心
食品科學與安全協同創新中心
“111計劃”引智基地名單
農業資源與環境學科生物學研究創新引智基地、肉類食品質量安全控制及營養學創新引智基地、作物生產精確管理研究創新引智基地、農村土地資源多功能利用研究學科創新引智基地、特色園藝作物育種與品質調控研究學科創新引智基地。
博碩士授予點
一級學科博士點：應用經濟學、生物學、科學技術史、農業工程、食品科學與工程、作物學、園藝學、農業資源與環境、植物保護、畜牧學、獸醫學、水產、農林經濟管理、公共管理、草學、生態學、圖書情報與檔案管理。
一級學科碩士點：哲學、理論經濟學、社會學、外國語言文學、數學、化學、海洋科學、機械工程、計算機科學與技術、輕工技術與工程、環境科學與工程、林學、中藥學、管理科學與工程、工商管理、圖書情報與檔案管理、風景園林學、應用經濟學、生物學、科學技術史、農業工程、食品科學與工程、作物學、園藝學、農業資源與環境、植物保護、畜牧學、獸醫學、水產、農林經濟管理、公共管理、草學、生態學。
博士后科研流動站
作物學、植物保護、農業資源利用、園藝學、畜牧學、獸醫學、食品科學與工程、公共管理、科學技術史、生物學、水產、農業工程、動物學、生態學、草學。
重點學科
國家重點學科
一級學科國家重點學科：作物學、植物保護、農業資源利用、獸醫學
二級學科國家重點學科：蔬菜學、農業經濟管理、土地資源管理
國家重點（培育）學科：食品科學
省級重點學科
十二五期間一級學科省重點學科：科學技術史、畜牧學、公共管理、生態學、草學
二級學科省重點學科：植物學、微生物學、科學技術史、食品科學、果樹學、植物營養學、動物營養與飼料科學、基礎獸醫學、臨床獸醫學、土地資源與管理、生物信息學、農村發展、植物檢疫與生物安全、農業信息學。
江蘇高校優勢學科建設工程
作物學、植物保護、農業資源與環境、獸醫學、食品科學與工程、農林經濟管理、現代園藝科學、農業信息學。
學科評估
在教育部2012年第三輪全國高校學科評估中，南京農業大學共有4個學科排在全國前三名，8個學科排在全國前五名，12個學科排在全國前十名，其中農業資源與環境學科排名全國第一位。
在教育部2017年第四輪全國高校學科評估中，南京農業大學共有7個學科評估結果為A類，其中4個學科獲評A+，分別是作物學、農業資源與環境、植物保護、農林經濟管理，A+學科數并列全國高校第11位。
