空軍軍醫大學從1962年起開始招收研究生，是全國首批碩士、博士學位授予單位，首批臨床醫學、口腔醫學專業學位試點單位，建立了入學選拔、課程學習、課題研究、實踐活動、畢業答辯和和學位授予等系列完備的質量保證體系。近年來，積極開展研究生教育創新活動，實施“精優論文計劃”，推行免試攻讀碩士學位、碩博連讀、直接攻博、博士課題資助、公派研究生出國項目、學位論文檢測和終末評審、學術交流資助、研究生獎助學金等，人才培養質量得到進一步提升。