復旦大學藥理學科始建于1927年，最初由我國藥理學的奠基人張昌紹教授主持，1955年全國院系調整后更名為上海第一醫學院藥學系藥理學教研室。生物化學學科于1960年由梅美珍教授領導創建，當時與藥理學教研室合并成立藥理生化教研室。1978年，生物化學部分從藥理生化教研室分出，單獨成立生物化學教研室。2010年藥學院學科調整之際，重新將藥理學教研室與生物化學教研室合并為藥理學與生物化學教研室。2019年，更名為復旦大學藥理學系。我系是國內首批碩士/博士學位的授予點，培養出了新中國第一批藥理學專業研究生。本學科于2005年成為上海市重點學科。

心血管藥理學
分子藥理學
腫瘤藥理學
抗炎免疫藥理學
生化藥理學
循證藥物治療
定量藥理學
藥物不良反應研究
神經藥理學
脂質代謝與動脈粥樣硬化

      復旦大學藥理學系堅持以基礎和應用基礎研究為主，發展創新性研究方向，形成了獨特的學科特色。以惡性腫瘤、心腦血管疾病、神經系統退行性疾病、炎性/感染性疾病等重大疾病的治療為主攻方向，以建立國際規范的新藥研發平臺為目標，能力建設和人才培養相結合為原則，構建藥物靶點確證、藥效評價和機理研究的綜合性研究體系。“十一五”以來，主持國家科技部973項目兩項，國家自然科學基金重點項目兩項、面上項目課題十余項，上海市科委浦江人才計劃(團隊) 兩項，上海市科委生物醫藥重點項目基金兩項。發表SCI（IF >2.0）50余篇。同時,有國內外多項發明專利獲得授權。

本系開設本科生課程15門，其中《藥理學》被列為國家級精品課程；開設研究生課程14門。
代表課程有：
藥理學（國家級精品課程）
藥物?生命?社會（上海市精品課程、復旦大學精品課程）
藥理學專題討論（研討型課程）
Case-based Pharmacology（全英語課程）
生物化學（本科生必修課程）
藥學分子生物學（本科生必修課程）
藥學研究新進展（研究生課程）
藥理學研究前沿（研究生課程）