農業資源與環境學科是自然生態系統和農業經濟系統中土壤（地）、養分與肥料、水分和生物質以及氣候等自然要素和生產力決定的資源和環境屬性對農業生產和管理活動的影響及其運籌控制的科學。本學科主要研究對象是圍繞農業和農村生產生活的土壤、生物、水、養分、肥料、有機固體廢棄物和大氣等制約農業可持續發展的農業生產資源和利用這些資源的植物，以及影響人類健康和自然變化的農業生態環境。
甘肅農業大學農業資源與環境學科于2006年獲批為一級學科碩士學位授權點。2011年被甘肅省教育廳確定為甘肅省高等學校省級重點學科。目前，該學科形成了植物營養學和土壤學2個穩定的研究方向，植物根際營養、土壤有機質與碳氮循環、土壤質量與功能及可持續管理等教學科研團隊。擁有教學科研人員18人，其中，教授6人，副教授6人，10人具有博士學位，博士生導師3人，碩士研究生導師9人。
近五年承擔各類科研項目共47項，科研經費1399.8萬元，其中國家級項目10項，獲得省部級獎項1項；在國內外學術刊物發表論文100余篇，其中SCI和CSCD核心庫論文分別為9篇和90余篇，SCI論文累計影響因子為17.701，出版專著1部。截止2017年已畢業學術型碩士147名。畢業碩士研究生主要從事教學、科研、管理、技術研發與推廣工作。