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學校瞄準物質科學與技術、生命科學與技術和信息科學與技術的前沿領域同時開展教授個體科研和圍繞重大目標的團隊科研，推動學科交叉融合、大學與國家級科研機構融合，構建科技進步驅動產業發展的完整創新價值鏈，針對國家在轉型發展過程中所面臨的一系列嚴峻挑戰，探索基于科技創新的解決方案。目前，物質、信息、生命、創管學院以及免疫化學研究所、iHuman研究所已制定了學科/平臺建設規劃，常任教授、科研人員正陸續到位，截至2018年2月已建立157個研究組，科研工作全面開展，截至2018年2月，學校科研人員共參與發表科研論文1886篇，其中第一作者及通訊作者論文729篇，“成功解析人源大麻素受體三維結構”等高水平科研成果開始涌現。學校全力推進科技與教育的融合，參與中科院牽頭的國家級科研項目，與中科院相關院所建立聯合實驗室開展全面科研合作，2017年10月超強激光光源聯合實驗室實現10拍瓦（1拍瓦=1千萬億瓦）激光脈沖輸出，達到國際領先水平。學校積極推動科教與產業的融合，與多家國內外高科技企業開展產學研合作，技術成果轉移轉化取得一系列進展。



       2016年4月15日，國務院發布《上海系統推進全面創新改革試驗加快建設具有全球影響力的科技創新中心方案》，明確指出上科大在上海張江綜合性國家科學中心建設中承擔重要任務。目前，學校正與中科院上海分院科研院所等單位合作，負責或參與建設軟X射線自由電子激光用戶裝置、活細胞結構和功能成像等線站工程、超強超短激光實驗裝置、上海光源二期線站工程（納米自旋與磁學線站、高性能膜蛋白晶體學線站），牽頭硬X射線自由電子激光裝置的規劃和建設，承擔“多空間多時間尺度生物成像平臺”、“機器學習與虛擬現實平臺”等科創中心建設重點建設工作，力爭為上?？苿撝行慕ㄔO做出重要貢獻。



       學校積極投身教育全球化，與多所國際一流大學在學生培養、教師培訓、課程共享、學術交流、合作科研等方面開展全方位務實合作，并積極拓展與國內一流大學的交流合作關系。目前學校已與芝加哥大學、麻省理工學院、加州大學伯克利分校、耶魯大學、康奈爾大學、賓夕法尼亞大學、帕多瓦大學、牛津大學、德雷塞爾大學等歐美知名高校建立了良好的合作關系，在學生交流、課程開發、教師交流等方面開展項目合作，合作院校還在不斷增加。