學校由原龍溪師范學校于1958年春設立的師范大專班發展而來，1960年開始招收首屆本科學生，1963年參與合并組建福建第二師范學院，1986年經原國家教委批準復辦福建第二師范學院并更名為漳州師范學院，1992年獲學士學位授予權，2000年順利通過教育部首批師范院校本科教學工作合格評估，2003年獲碩士學位授予權，2007年被列為福建省重點建設高校，2008年以優秀成績通過教育部本科教學工作水平評估，2012年獲服務國家特殊需求博士人才培養項目，2013年4月更名為閩南師范大學，同時本科專業列入本科一批招生。 2018年，學校被列為福建省一流學科建設高校 

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