新疆農業大學科學技術學院2002年7月經自治區教育廳批準成立，2004年經國家教育部重新審批確認，為全國首批確認的124所（其中新疆2所）獨立學院之一，是實施本科層次普通高等教育的獨立學院。

學院現有農大東路校區（烏魯木齊市沙區農大東路110號，占地84畝）和西山校區（烏魯木齊市沙區西山新鎮聚安路888號）。其中，西山校區坐落于西山大學城，距離烏魯木齊市中心25公里，地處亞心腹地。西山校區建設項目于2014年啟動，總體規劃面積1560畝，總建筑面積48萬平方米。

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