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華東交通大學軟件學院于2002年6月經江西省批準成立，屬江西省首批示范性軟件學院之一。自2007年起，學院進行了“軟件工程+應用背景專業”復合型人才培養模式的改革，2009年被批準為江西省人才培養模式創新實驗區。2011年開始，和江西思創數碼科技有限公司、江西微軟技術中心聯合鑒署“校企戰略合作協議”，實行校企聯合辦學。2013年5月，與贛州福雷斯科技有限公司聯合鑒署“校企戰略合作框架協議”。現有計算機軟件與理論、軟件工程二個全日制統招碩士學位授予點，同時開展在職人員攻讀軟件工程、項目管理、計算機技術專業領域工程碩士培養工作。
近年來，先后承擔了國家自然科學基金、國家社科基金、中國博士后科學基金、教育部人文社科基金、江西省自然科學基金、江西省科技支撐計劃、江西省高校科技落地計劃及企業橫向科研項目110余項，在學術期刊和國際會議上發表論文130余篇，其中三大索引收錄60余篇；出版5部專著或教材
近年來分別與江西微軟技術中心、贛州福雷斯科技有限公司、中軟國際、東軟集團股份有限公司、上海微創等單位建立校外實訓基地，以培養增強碩士研究生的實踐能力和創新能力。
2012年，學院牽頭申報的“軟件工程”學科，被評為華東交通大學重點學科（省級重點培育學科）, 2013年，軟件學院與江西微軟聯合成功申報“江西省研究生教育與創新基地”，為人才培養、產學研合作提供了堅實平臺。

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