新疆醫科大學兒科學院前身是建于1956年的新疆醫科大學兒科學教研室，1986年成為碩士生學位點， 2009年開始招收博士生，2010年4月成立臨床醫學院兒科學系，2011年成為博士一級學科（含蓋）學位點， 2016年4月在原臨床醫學院兒科學系的基礎上正式掛牌成立“新疆醫科大學兒科學院”，是新疆唯一一所招收本科兒科學專業學院及新疆唯一的兒科博士生培養單位，也是碩士生培養重點單位和新疆兒科高層人才的搖籃。 學院現有教師隊伍共計78人，其中教授5人,副教授12人,講師21人；博士研究生學歷8人，碩士研究生學歷55人；博士研究生導師5人，碩士研究生導師20人。學院目前承接專業有：臨床醫學專業五年制、臨床醫學專業“5+3”一體化、麻醉醫學、影像醫學、預防醫學、檢驗醫學、口腔醫學、藥學、留學生等專業的兒科學課程；學院2016年起開始招收臨床醫學“5+3”一體化（兒科學方向）專業學生，2018年9月開始兒科學本科（五年制）專業招生。 兒科學院近3年分別被評為新疆維吾爾自治區級臨床重點專科、新疆醫科大學支撐學科和新疆醫科大學校級優秀團隊、新疆醫科大學校級精品資源共享課、新疆醫科大學視頻公開課、新疆醫科大學校級優秀教學成果獎；新疆唯一全國住院醫師規范化培訓示范基地，中國醫師協會在新疆指定的唯一兒科醫師骨干師資規范化培訓基地；中華醫學會新疆兒科分會主委單位；學院近三年承擔國家自然科學基金2項，自治區自然科學基金6項，參與國家多中心臨床研究13項。發表SCI論文6篇，中華系列期刊論文18篇，出版教材7部，教改課題10項。 新疆醫科大學兒科學院醫、教、研工作依托新疆醫科大學第一附屬醫院兒科中心運行。作為新疆維吾爾自治區最大的兒科疑難病癥診斷治療中心，其血液專業為全疆首家兒童藥物臨床試驗機構（GCP）基地。兒科中心被衛生部授權為“世界糖尿病基金會—中國兒童糖尿病管理項目中心”，被中國出生缺陷干預救助基金會授權為“中國兒童青少年肥胖糖尿病聯盟理事單位”等，在復旦大學西北區醫院專科聲譽排行榜中，小兒內科專業2015年排名第二，2016年排名第三；小兒外科專業2015年，2016年排名西北第六，提升了兒科教學在本科教學中的知名度。 學院一直助力國家“一帶一路”倡議，圍繞周邊國家重大疾病進行學科建設及人才培養。作為中國紅十字會（新疆）醫療救援隊，兒科中心在“中國紅十字會‘天使之旅-一帶一路’大病患兒人道救助計劃”項目上發揮了重要的作用，目前已免費救助79名先心患兒，以“零死亡率”的醫療奇跡，收到了良好的社會效益及國際影響。 兒科幾代人秉承以“一切為了孩子”為宗旨，以培養高素質兒科人才為己任，造就出了一批知名的兒科醫學專家和兒科學教育專家。學院不斷加強與國內外知名高校的交流合作，近年來，通過外出進修學習、科研項目協作等方式，選派多名師資前往國內外進修學習，將先進教學及管理理念引入學院日常教學和管理工作中，為全疆的兒科人才發展培養了諸多中堅力量，為新疆絲綢之路經濟帶核心區建設做出應有的貢獻。