四川大學華西基礎醫學與法醫學院病原生物學系是由微生物學教研室、人體寄生蟲學教研室和感染免疫研究室組建，并于2019年1月正式成立，陳建平教授擔任病原生物學系主任暨感染免疫中心主任。
微生物學教研室、人體寄生蟲學教研室和感染免疫研究室在基礎醫學教科研中取得了卓越的成績。王正儀教授在鉤蟲吸血研究取得重大成就，榮獲1978年全國科學大會獎。感染免疫研究室暨鉤體病研究室戴保明教授曾因鉤端螺旋體所致肺大出血機制研究獲得1996年國家科技進步三等獎，人體寄生蟲學教研室胡孝素教授因黑熱病單克隆抗體和PCR診斷研究曾獲得1998年國家科技進步三等獎，感染免疫研究室鮑朗教授曾獲得2005年教育部技術發明一等獎。病原生物學系先后承擔過國家863計劃課題、國家973傳染病重大專項、國家自然科學基金面上項目和青年基金項目，教育部、衛生部和四川省科技廳項目。
病原生物學系承擔5年制和8年制《人體寄生蟲學》、《微生物學》和《病原生物學實驗》課程，以及留學生和研究生的本學科相關教學任務。本系一直是八年制《醫學微生物學》教材的主編單位，賈文祥教授主編了第1、第2版，李明遠教授主編了第3版，均為“國家級”規劃教材。賈文祥教授、李明遠教授、陳建平教授和李婉宜教授還在人民衛生出版社、四川大學出版社、高等教育出版社、科學出版社主編有教材，其中部分也是“國家級”規劃教材，為我國的醫學人才培養做出了突出貢獻。
病原生物學系暨感染免疫中心的建設目標建立國內一流的感染免疫中心，新發再發傳染病研究中心及疫苗和體外診斷試劑研發中心。主要的研究方向有：（1）新現與再現傳染病監測及病原體基因庫（傳染病監測） 建立病原檢測網絡，收集臨床（包括疾控和醫院系統）、動物（畜牧養殖業，偏遠農村及少數名族地區）及環境（城市飲用水、河流等）樣本。分離培養常見和具有潛在威脅的病原體（可培養物種），并進行基因組測序；同時，對收集樣本直接進行宏基因組測序（所有可培養及不可培養物種）。對獲得的分離株保種入庫；建立數據庫，存儲樣本分離時間、地點、樣本來源等信息及樣本（宏）基因組數據。本方向旨在實時監控新現與再現傳染病，提供準確的預警和科學的參考依據。疾病暴發后，可及時運用基因組數據及樣本信息進行溯源和進化演變分析；基因組信息可為下游開發診斷試劑及疫苗提供科學依據；存儲的病原分離株復蘇后可快速開展病原致病機制及抗感染免疫機制相關基礎研究。（2）在疾病暴發流行后，快速開展病原體診斷及新藥、疫苗研發工作。研發快速診斷試劑，實現病人快速確診、人群篩查等重要防控措施的開展。建立藥物高通量篩選平臺，評估現有抗生素或抗病毒藥物對新發病原體的效用，指導臨床用藥；對小分子化合物庫進行篩選，鑒定新的具有抗病原活性的化合物進行新藥研發。開展減毒、滅活、亞單位等不同類型的疫苗研發工作，實現后期對疾病的預防。（3）病原致病及機體抗感染免疫機制（基礎研究） 運用分子生物學技術、細胞及動物模型研究病原體致病相關基因及其與宿主相互作用（免疫機制）。掌握病原體生長、代謝及致病關鍵基因，可促進基于靶標的藥物設計。掌握機體抗感染免疫機制，可為臨床免疫相關治療提供依據，為評估疫苗是否具有保護性提供重要指標。
病原生物學系現有教授/研究員5人，副教授/副研究員4人，講師/助理研究員7人。其中博士生導師2名（鮑朗教授和陳建平教授），碩士生導師5名（李婉宜教授、吳琦教授、陳達麗研究員、王保寧副教授和羅濤副研究員）。