本學科于2001年在南京農業大學原作物生態研究室、昆蟲生態研究室、農田生態研究室的基礎上組建，2011年被批準為一級學科博士學位授權點，是江蘇省一級重點學科。
?微生物生態學
研究土壤生物與環境之間的關系、土壤食物網結構及功能性過程，結合生態學理論和管理措施，揭示對自然因素和人類干擾下土壤生態系統的功能特征及調控機制，提出促進綠色農業的土壤生態工程管理措施。
?修復生態學
開展畜禽糞便、秸稈、綠肥等農林有機廢棄物在化肥減施、耕地地力提升、污染物環境行為與生態風險評估等方面的應用研究，構建環境友好型污染土壤原位強化微生物長效降解修復技術體系。
?生態系統生態學
研究全球變化背景下陸地生態系統的碳、氮、磷等元素循環、植物-微生物互作以及生物入侵等生態學問題，探索減緩全球變化、保護生物多樣性與維持生態系統服務功能的對策和生態工程措施。
?海岸帶生態學
以沿海灘涂、近海海域海洋生物與環境為主要研究對象，重點研究華東等地區海岸帶自然資源分布特征、灘涂資源開發利用生態農業模式與濕地生態保護修復策略。