南開大學醫學院采用加強基礎，注重素質，面向臨床的辦學模式組織實施研究生教學。旨在培養具有良好的思想品德和職業道德、較廣泛的社會科學知識、較寬厚的自然科學背景、較扎實的醫學基礎理論、較熟練的專業實踐技能、有解決臨床實際問題和獨立科研工作能力、有較強的創新精神和發展潛能的德智體全面發展的高級醫學專門人才。目前采用聯合辦學的教育體制，天津市多家三級甲等醫療院所是醫學院的附屬醫院和臨床醫院。2007年與中國人民解放軍總醫院（301醫院）簽約成為南開大學教學醫院，極大豐富了醫學院的臨床教學資源。醫學院與聯合辦學單位在臨床人才培養、學科建設、教學科研等領域開展全方位合作，特別是解放軍總醫院以一流專家云集、學科優勢突出、臨床資源豐富、醫療技術優良而著稱。截至目前我院和聯合辦學單位共有博士生導師98位；碩士生導師158位，其中在301醫院聘任包括四名中國工程院院士在內博士研究生導師70余人，已和301醫院聯合培養博士研究生150余人；碩士研究生500余人。

截至2016年，醫院擁有：

一級學科博士授權一個——臨床醫學博士學位授權。自2011年9月開始正式招收臨床醫學博士研究生，目前已開設八個二級專業，包括：內科學、外科學、婦產科學、老年醫學、腫瘤學、眼科學、耳鼻咽喉科學、影像醫學與核醫學。

一級學科碩士授權4個——臨床醫學、基礎醫學、口腔醫學、食品科學與工程。臨床醫學自1999年為七年制的學生授予學位，并開始招收三年制研究生；基礎醫學自2011年9月開始正式招收碩士研究生；口腔醫學自2007年開始正式招收碩士研究生；食品科學與工程自2018年開始正式招收碩士研究生。

一級碩士專業學位授權二個——臨床醫學碩士專業學位、口腔醫學碩士專業學位。醫學院與天津市人民醫院聯合培養臨床醫學碩士專業學位研究生，與天津市口腔醫院聯合培養口腔醫學碩士研究生。學生在學期間同時參加住院醫師規范化培訓，住院醫師規范化培訓合格證、執業醫師資格證與碩士畢業及學位申請相關聯，專業碩士培養實現四證合一的教育體制。醫學院自2006年9月開始正式招收臨床醫學碩士專業學位研究生，現已開設7個專業領域：內科學、外科學、婦產科學、兒科學、影像醫學與核醫學、腫瘤學、全科醫學；2015年9月開始招收口腔醫學專業碩士，全面招收口腔臨床醫學各專業研究生。