自動化專業屬于典型的工科專業，所屬一級學科為控制科學與工程。研究和應用領域覆蓋各個行業，尤其在鋼鐵、電力、能源、石化、制造業、礦業、紡織、輕工等行業獲得廣泛而深入的應用，隨著時代發展，在環保、現代農業、現代物流、消防、交通、醫療等領域也扮演越來越重要的角色。因此，自動化水平高低是一個國家工業、農業、國防和科學技術現代化的重要標志、是體現新型工業化的重要技術特征。
自動化專業培養的學生要具備控制理論、電子技術、自動檢測與儀表、信息處理、系統工程、計算機技術與應用和網絡技術等較寬廣領域的工程技術基礎和一定的專業知識，能在工業過程控制、電力電子技術、檢測與自動化儀表、運動控制、電子與計算機技術、信息處理、管理與決策等領域從事系統分析、系統設計、系統運行、新技術研發等方面工作的高級工程技術人才。
  新疆正處在工業化快速發展階段，一些支柱產業和特色產業如風力發電、太陽能產業、冶金、石油化工、煤化工、特色果蔬業、交通、環境保護等都已經出現超常規的加速發展態勢。八一鋼鐵、金風科技、特變電工、新疆電力、天山股份、眾和股份等，以及中石油、中石化、華電、國電、華能、大唐、神華等諸多央企駐疆能源企業、大批具有實力的民營企業等等，無論生產規模、高新技術含量都史無空前，必將有效地推進新疆新型工業化建設進程。工業化的發展帶來巨大的自動化人才需求和產學研成果轉化需求。
新疆大學自動化專業始建于1953年，1958年開始招收本科生，其專業（名稱）歷經“工業企業電氣化及自動化”、“工業電氣自動化”、“工業自動化”到“自動化”發展過程。60年來，經過幾代人的努力，現已成為在國內有一定影響的、具有地方特色的、可持續發展的品牌專業、成為新疆自動化領域高級專業人才和管理人才的培養基地。
自動化專業1993年獲得控制理論與控制工程學科碩士點授權，2003年獲得控制工程（工程碩士）專業學位授權，2005年獲得檢測技術與自動化裝置學科碩士點授權，2007年被列入新疆唯一授權代表國家開展注冊自動化系統工程師培訓和技能測試的認證機構，2010年獲得控制科學與工程一級碩士授權。2010年列入國家級特色專業，2011年列入自治區“緊缺專業”， 2011年被評為控制理論與控制工程校級重點學科，2012年成為自治區級實驗教學示范中心。