能源與動力工程系源自原新疆工學院電氣工程系于1972年創立的電力系統及其自動化專業的有關講授發電廠動力部分的課程組。由于新疆能源與動力工程專業人才奇缺，原新疆工學院的電氣工程系有意增設該專業，并開始進行師資的培養和儲備。1988年開始開辦發電廠動力工程專業的專科教育。2000年新的新疆大學成立后，經過姜波、馬盛駿、胡申華等教師的共同努力，2001年熱能與動力工程專業正式成立，于當年開始招收普通高考的考生。2003年10月熱能與動力工程教研室正式掛牌。經過近五年的發展與積累，2008年成立熱能與動力工程系。同年，熱能與動力工程專業被列為自治區重點產業緊缺專業后，2008年成立熱能與動力工程系。2013年由于專業目錄調整，專業名稱變更為能源與動力工程。
能源與動力工程專業致力于能源的利用及開發，和如何更高效的利用能源。能源既包括水、煤、石油等傳統能源，也包括核能、風能、生物能等新能源，以及未來將廣泛應用的氫能，動力方面則包括內燃機、鍋爐、航空發動機、制冷及相關測試技術。其所涉及的主體行業對整個國民經濟和工程技術發展起著基礎、支撐以及驅動力的作用，在工學門類中具有不可替代的地位。能源與動力工程學科是新疆培養從事動力工程、能源開發與利用、環境保護、能源利用系統及設備的優化等領域工程技術人才的重要基地，也是新疆高校最早一個從事動力工程及工程熱物理學科和熱能與動力工程專業教學科研的實體。自專業建立以來，共培養1200多名的本科畢業生，為新疆能源動力行業輸送了大量合格的工程技術人才。
目前本專業現有教師10人，其中教授2人，副教授3人，講師3人，助教1人，實驗師1人。具有博士學位的3人，教師均具有碩士及以上學位。承擔和完成了各級科研項目20多項，其中包括國家自然科學基金項目12項、省部級項目的資助4項，項目總經費700余萬。
本專業方向注重學科交叉和培養學生的綜合素質。通過力學理論（工程力學、流體力學）、熱工學理論（工程熱力學、傳熱學等）、電工電子學理論、自動控制理論等的學習，使學生掌握本專業必需的、系統的技術基礎知識，接受現代動力工程師的基本訓練；通過計算機控制系統、現代測試技術、流體機械原理、流體機械自動控制、CAD技術、多媒體應用技術等課程的學習和相關的技能訓練，使學生具備從事能源動力工程、流體機械及其自動控制和相關方面的設計、運行、實驗研究的基本能力；具備較強的自學能力、獨立工作能力、創新意識和較高的綜合素質。本專業通過寬口徑的課程設置和有效的科研實踐活動，為學生提供廣闊的學習空間、培養學生創新精神、提升學生在專業領域分析問題和解決問題的工程實踐能力，能夠使學生具有良好的社會適應和競爭能力。
自專業建立以來，學生的分配一直供不應求。在此背景下，該專業被列入了自治區緊缺專業。畢業生可選擇電力系統設計研究院所、火力發電廠、動力設備制造企業、空調制冷、能源化工、天然氣及城市燃氣輸配、可再生能源開發、熱力發動機及汽車工程、有關能源、環保方面的公司和政府管理部門以及高等院校科研院所、部隊等機構從事有關的能源利用、清潔能源開發、電力生產及自動化、節能與環保、制冷與低溫、空調與人工環境等相關的工程設計、產品研發、教學、制造、檢測和策劃等研究與管理工作。本專業成績優秀者可以免試或通過考試進入研究生階段繼續深造。本專業畢業生深受社會各相關行業的歡迎。