歷史系成立于1925年，為云南大學最早設置的系之一。目前，歷史系擁有1個“全國普通高校文科基礎學科人才培養與科學研究基地”，1個專門史國家重點學科，1個一級學科博士學位授權點（中國史），1個二級學科博士學位授權點（世界史），1個博士后科研工作流動站（歷史學），10個碩士學位授權點，1個專業碩士學位授權點（文物與博物館），3個省級重點學科（中國民族史、中國經濟史、專門史）以及云南省哲學社會科學—“云南滇學研究基地”，已形成較完善的學科體系和發展平臺。歷史系現有4個教研室（中國古代史、世界史、中國民族史、中國近現代史），現設系所結合性質的研究所4個（中國經濟史研究所、西南古籍研究所、西南環境史研究所、民族考古研究與文物評估中心），設有資料室1個。

歷史系秉承學校辦學宗旨，以立德樹人為根本，強調夯實基礎，突出邊疆地方特色，以培養科研與實踐相結合的創新型人才為宗旨，著力培養基礎扎實，學行兼備，能力全面的高素質創新型、復合型人才，力爭將我院歷史學專業打造成全國一流的歷史學人才培養與科學研究基地。