食品與醫藥學院組建于2006年，由創建于1958年的原舟山水產學院食品工程類專業和原醫學院藥學類專業合并而成。在長期的辦學歷程中，學院形成了本科教育、研究生教育和繼續教育多層次協調發展的辦學格局。學院主要為社會培養在海洋食品、海洋生物醫藥等相關領域有專長的創新創業應用型人才。
學科建設
學院堅持以學科建設為龍頭，建有食品科學與工程一級學科碩士點、食品加工與安全和藥學專業碩士學位點（其中食品加工與安全與意大利比薩大學開展雙碩士學位研究生教育）。建有水產品加工及貯藏工程、海洋生物醫藥省級重點學科和食品科學與工程省級一流學科（2018年考核優秀）。
師資隊伍
學院現有教職工50余人，專任教師40余人（其中博士學位教師占83%，有出國訪學經歷教師占65%）。正高職稱13人、副高職稱15人；博士生導師7人、碩士生導師30余人；國務院特殊津貼專家2人、泰山領軍人才1人、浙江省教學名師1人、浙江省中青年學科帶頭人4人、浙江省151人才5人、舟山市專業技術拔尖人才3人。學院還聘請了孫寶國、朱蓓薇、管華詩、Soottawat Benjakul、Aubourg Santiago等3名院士和10余名國內外高水平專家擔任客座教授。
人才培養
學院現有全日制在校本科生近800人，研究生100余人，其中外國研究生10余人，非全日制研究生20余人。近五年來，學生獲得大學生“挑戰杯”課外科技作品競賽全國特等獎、二等獎及創業計劃競賽全國銀獎、銅獎和大學生水產食品加工與創意大賽全國三等獎、首屆“甘其食杯”中國傳統食品創新大賽一等獎等省部級以上學科競賽獎200余人次。培養碩士研究生200余名，發表學術論文350余篇，授權專利、軟件著作權共50余件。