2005年12月，中國醫科大學為響應“振興東北老工業基地”的偉大號召，根據社會和教學、科研及學科發展的實際需要恢復成立了藥學院。建院以來，在黨和政府的重視和關懷下，在中國醫科大學大力扶植下，確立了以藥學學科整體建設為基礎、以臨床藥學為特色的發展方向。學院內涵建設健康發展、綜合能力逐步提升，為培養高層次、高素質和高水平的醫藥學人才做出了卓越的貢獻。
我校藥學學科1940年創建于延安，其中藥理學科于1978年獲首批碩士學位授權學科，于1993年獲東北三省第一個博士學位授權學科。學院現有藥學博士后科研流動站、藥學一級學科博士學位授權點、藥學一級學科碩士學位授權點（下設藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學6個二級學科授權點）和藥學專業學位碩士學位授權點，其中選藥理學科為遼寧省重點學科。2017年，藥學一級學科入選“遼寧省一流學科”。
學院下設藥物化學、天然藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學、臨床藥理學、藥物毒理學等9個專業教研室，天然藥物、生物制藥、合成藥物與仿生藥物、神經內分泌藥理、離子通道藥理、中藥藥理等6個研究室（實驗室），在三個附屬綜合性醫院設有3個臨床藥學教研室，另有有1個省級實驗教學示范中心-臨床藥學實驗教學中心、1個省級虛擬仿真實驗教學中心-臨床藥學虛擬仿真實驗教學中心、1個省級大學生創新創業教育基地—遼臨床藥學創新創業教育基地、1個省級研究生實踐基地—藥學醫藥協同與創新實訓規范化培訓基地、1個生物制藥研究所，另外還設有黨政辦公室、人才培養與學科科研管理辦公室、學生工作辦公室（共青團中國醫科大學藥學院委員會）3個行政科室。
學院師資力量雄厚。現有教職工100余人，其中具有高級職稱的占37%，具有博士學位的占66%；有博士生導師9人，碩士生導師18人；3人享受國務院政府特殊津貼，1人榮獲中組部國家“萬人計劃”國家級教學名師稱號，1人榮獲全國優秀教師稱號，5人入選遼寧省百千萬人才工程，3人獲聘遼寧省特聘教授，1人當選遼寧省優秀專家稱號， 1人榮獲遼寧省教學名師稱號，1人榮獲遼寧省攀登學者稱號。另有10余人次分別在中華醫學會、中國藥理學會、中國發明協會及省、市學會中擔任正、副主任委員或常務委員等職務，在國內外享有較高聲譽。
學院學術氛圍濃厚，科研工作深入扎實。在藥理與毒理學、臨床藥學、藥物新劑型設計與評價、藥物代謝和藥物動力學、創新藥物的合成與篩選、中藥與天然藥物藥效物質基礎和質量標準等領域的研究工作不斷深入。目前建有國家中醫藥管理局批準的中醫藥科研三級實驗室2個，二級實驗室3個；遼寧省分子靶向抗腫瘤藥物藥理學研究與評價重點實驗室 1個；遼寧省教育廳高等學校創新團隊1個。 另外還成立了“中國醫科大學創新藥物與精準醫學國際研究中心”，與美國芝加哥大學、美國科羅拉多大學、美國賓夕法尼亞州立大學、美國辛辛那提大學、美國梅奧醫學中心、美國德州大學等國內外頂尖專家合作，在逆轉腫瘤免疫逃逸的抗腫瘤新靶點以及研發靶向個性化新藥等方面進行深度合作。
學院獲得國家科技成果獎2項，省、部級科技成果獎10余項，獲得日內瓦國際發明獎、教育部、中國高校、遼寧省、沈陽市等各級獎10余項；獲得國家新藥證書2本，發明專利5項；獲得國家級科研項目70余項、省部級科研項目90余項、國際合作與資助項目10余項，獲得科研總經費近4000萬元；以第一作者或通訊作者身份發表各類研究論文400余篇，被國外SCIE源期刊收錄160余篇；出版著作20余部。培養博、碩士研究生近300人。
走產學研一體化道路是學院發展的重要方向，在科研工作中抓好應用基礎研究，抓知識產權，出成果，出效益，出人材。以科研促產品，以產品養科研。立足國際前沿，充分發揮醫學、藥學學科齊全的優勢，通過學科群建設，促進了學科的交叉、滲透，顯著提高了科技攻關和科技創新能力。目前，我院在與沈陽泗水科技城共建“藥學檢測評價中心”、與廣東合鑫藥業股份有限公司共建“個體化治療中心”等廣泛合作基礎上，已經被遼寧省教育廳批準為“第三批遼寧省高等學校對接產業集群協同創新基地”，旨在與西豐醫藥保健品產業集群合作，開展“鹿產品”等特色資源保健品研發與深加工。 另外，我院還成立了“中國醫科大學藥品食品檢驗檢測中心”，旨在為遼寧省內企業提供藥品、生物樣品、保健（功能）食品及化妝品等檢驗檢測服務，服務遼寧地方經濟。
學院積極開展國內外學術交流與合作，先后與美國、日本、加拿大、德國、英國、香港等多個國家和地區的10余所著名大學和科研院所建立了校際合作余交流關系，聘任工程院丁健院士為我校榮譽教授，聘任20余名國內外專家為客座教授，每年邀請國外專家來學院講學和舉辦國際性學術會議10余次。
學院面向教育國際化和科學技術迅猛發展的趨勢，面對醫藥經濟發展對高等藥學教育的新要求，不斷深化教學改革，努力提高硬件設施和人才培養質量。現承擔研究生、七年制、國際醫學班、普通班等多層次教學任務，共開設藥學基礎課程14門，選修課程4門，開展國家級和省級繼續教育項目4項。學院藥學實驗教學中心為省級實驗教學示范中心，建筑面積約6400余平方米，擁有近3000萬元的教學科研設備和儀器，另有門類齊全的常規藥學實驗設備及氣相質譜聯用儀等大型分析儀器，保證了藥學各層次在校學生1000余人的實驗課教學和科研工作順利開展。學院于2016年獲批遼寧省大學生創新創業實踐教育基地。
學院在日常教學活動中積極開展整合教學和PBL教學模式，挖掘學生自主學習潛力。經多年沉淀，目前已承擔各類教學研究課題20余項，獲省教育廳高等教育成果獎3項。臨床藥學專業被評為遼寧省高等學校重點支持專業，并在武漢大學中國科學評價中心發布的中國大學本科教育分專業排行榜中，在全部開設此專業的院校連續4年排名第一。《藥理學》課程于2005年被評為遼寧省精品課程，2008年被評為網絡教育的國家級精品課程，2012年被評為國家級網絡資源精品課程；另外，《藥劑學》、《藥物動力學》于2014年，《生藥學》于2015年分別獲批省級精品資源共享課程。30余名教師參與國家級教材的編寫工作，其中主編的《藥理學》、《藥物化學》、《藥劑學》、《生藥學》、《臨床醫學概論》為中國醫藥科技出版社“十三五國家級規劃教材”，《臨床藥理學》為教育部和衛生部“普通高等教育十一五、十二五國家級規劃教材”，主編的《藥物化學》和《藥物毒理學》為“十二五國家級規劃教材”，另外還作為副主編參編教材10余本。我院也作為主編單位，完成了成人教育的藥學系列教材的主編工作。 在全院的共同努力下，學院獲批遼寧省教育系統先進集體。
學院高度重視學生綜合素質的培養，通過5年的系統本科教學，使學生在畢業時具備良好的敬業精神和較寬的知識面，以能力強和素質高贏得社會的好評和歡迎。已經畢業的各屆本科生中留校和讀研的占近40%，其余畢業生也順利的找到了自己理想的工作單位，就業率穩居100%。
當前，藥學院全體教職工認真學習和貫徹黨的十九大精神，落實國家“雙一流建設”和“振興東北等老工業基地”戰略，完善人才強校、強院機制，著力增強我院的整體水平、綜合實力及核心競爭力，以求學科發展、抓住新機遇、迎接新挑戰、構筑新優勢、贏得新發展，創造新輝煌。為把我院建設成為多學科協調發展，教學質量和科研水平居于東北地區先進行列，持立足遼寧、面向全國的藥學院而努力奮斗。