中醫基礎理論學科1981年獲批為碩士學位授權學科，是我校首批碩士學位授予點之一，1999年成為北京中醫藥大學博士研究生聯合培養點。2008年被評為安徽省重點學科，2009年被評為國家中醫藥管理局重點學科，為安徽省重中之重學科、博士學位授權建設學科中醫學一級學科的主干二級學科，安徽省首批博士后崗位學科，學科建設經費達700余萬元。學科為省部共建新安醫學教育部重點實驗室及新安醫學省級高校科技創新團隊主干，擁有國家中醫藥科研三級實驗室――細胞與分子生物學（腦病）實驗室。2008年學科所在的中醫學專業成為第一批國家教育部特色專業，中醫基礎理論被遴選為省級精品課程，2009年中醫基礎理論學科教學團隊被遴選為國家級教學團隊，2010年中醫基礎理論被遴選為國家級精品課程。
學科先后承擔省教學研究項目5項，主編、副主編與參編國家級規劃教材及學術專著30余部，為國家級規劃教材《中醫基礎理論》、《內經選讀》主編與副主編單位，國家級研究生規劃教材《中醫基礎理論專論》副主編單位，獲全國中醫藥優秀教材二等獎和優秀圖書一等獎各1項、華東地區優秀科技圖書一等獎1項，國家優秀教學成果二等獎1項，在省級以上學術刊物上發表論文200余篇。承擔國家“973”計劃項目、國家自然科學基金項目等國家及省部級科研項目18項，科研經費200余萬元，獲安徽省科學技術二等獎、中華中醫藥學會科學技術獎等3項，獲國家三類新藥批號1項、發明專利1項、科研成果轉讓1項，直接經濟效益120萬元。
學科在探索中醫基礎理論認識規律的過程中，注重方法學的改進，注重培養復合型的高級中醫藥人才。在繼承名老中醫傳統經驗的基礎上，運用現代實驗技術與方法研究中醫理論，主要圍繞中醫治則治法理論及其應用、中醫藏象理論與實質、中醫病因病機學說、中醫體質學說、內經研究等方向開展一系列研究。首創多因素復合制作氣虛血瘀證局灶性腦缺血再灌注大鼠模型，首次系統提出缺血性中風“氣虛血瘀”病機學說，提出“腎精-腦髓”相關理論，采用中醫治法、病證和方藥的不同角度互補研究，不同治法比較研究，首次開展了益氣活血法、補腎生髓法對腦缺血神經細胞凋亡信號轉導通路影響較為系統的研究，對腦缺血后內源性神經干細胞和體外培養胚胎神經干細胞缺氧誘導模型增殖分化及其信號轉導途徑與調控影響的研究，查新表明相關研究內容與研究方法在國內處于領先水平，對該領域研究具有重要的借鑒價值。提出清熱解毒、益氣養陰是防治病毒性心肌炎的有效治法，鑒于化濕法在中醫臨床中特色地位，開展化濕法研究。在中醫藏象理論與實質研究中，著重對中醫藏象學說進行深入探索挖掘，并注意運用現代科學的方法來揭示藏象本質、內在規律及將其指導臨床應用，同時注意挖掘新安醫家對藏象學說的闡發和創新。運用文獻學、臨床流行病學及分子生物學方法對中醫體質理論及其形成機制進行研究。學科重視從中醫基礎理論的發展源流中探討理論實質，同時注重中醫傳統文化發掘與研究，使中醫學理論有一個堅實人文基礎，以利于引導其正確發展。

學位點已培養碩士研究生40余人，聯合培養博士研究生5人。學科擁有省學術與技術帶頭人后備人選1名、省高等學校中青年骨干教師2人、省級教壇新秀1人、安徽中醫學院中青年骨干教師1人，兩人破格晉升教授。目前學科擁有教授5人、副教授7人、高級實驗師1人、講師5人，其中博士4人，碩士5人，博士研究生導師1人，碩士研究生導師7人，已經形成了年齡、職稱、學歷、學緣結構較為合理的教學與科研梯隊。
主要研究方向：1.中醫治則治法理論與應用基礎研究；2.中醫病因病機學說研究；3.中醫藏象理論與實質研究；4.《內經》養生學說研究；5.新安醫學學術經驗研究；6.中醫體質的理論及實驗研究。