北京大學藥學院的前身是北京大學中藥研究所，始建于1941年。在此基礎上，1943年建立北京大學醫學院藥學系；1952年醫學院獨立建院，隨之改名為北京醫學院藥學系；1985年隨學校更名為北京醫科大學藥學院；2000年4月更名為北京大學藥學院。曾設本草、制藥、藥學、藥檢、藥物化學、生藥學、應用化學（醫藥）、藥理學等專業，現設藥學專業（六年制本碩連讀）。藥學專業于2007、2008年被批準為國家級、北京市級高等學校特色專業建設點，于2008年被批準為“國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地”（簡稱理科基地）藥學專業點。北京大學藥學院是一個以培養研究型人才為目標的藥學院。

1943-1945年劉思職教授任系主任，1945-1947年陳同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院長，1988-1999年張禮和教授任院長，1999-2004年彭師奇教授任院長，2004-2005年劉俊義教授任常務副院長，2005-2016年劉俊義教授任院長；2016年至今，周德敏教授任院長。至今藥學院已有四名教授遴選院士，其中王序教授、王夔教授、張禮和教授為中國科學院院士，樓之岑教授為中國工程院院士。

藥學院由六系（化學生物學系，藥物化學系，天然藥物學系，藥劑學系，分子與細胞藥理學系，藥事管理與臨床藥學系）、一室（天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室）、一所（應用藥物研究所）、一中心（藥學實驗教學中心）組成。下設四個委員會：教學委員會、學術委員會、藥物研究與開發委員會、對外合作交流委員會。現有三個國家重點學科即藥物化學、生藥學及藥理學科，藥學學科于2007年被認定為國家一級重點學科，在教育部2012年學科評估中排名全國第一，于2017年入選教育部雙一流建設學科，2017年QS全球藥學學科排名第24位。2019年獲批“國家級一流本科專業”建設單位。

學院在職職工178名，有教授（研究員）45名、副教授（副研究員）51名，其中中國科學院院士2人，國家“973”計劃項目首席科學家3人，“長江學者獎勵計劃”特聘教授3名，中組部首批青年拔尖人才1人，百千萬人才工程國家級人選1人，國家級有突出貢獻中青年專家3人，國家杰出青年基金獲得者7人，科技部創新人才推進計劃中青年科技創新領軍人才1人，科技部創新人才推進計劃重點領域創新團隊1個、教育部創新團隊4個，教育部跨世紀（新世紀）人才12人，國家優秀青年科學基金獲得者5人，北京市科技新星計劃入選者4人，北京市優秀青年人才1人，全國優秀教師1名，北京市教學名師3名，北京市優秀教師8名。博士生導師62名、碩士生導師52名，具有博士學位的教師112名，占專任教師總數的87.5%，具有碩士學位的教師14名，占專任教師總數的10.9%。

學院在校各類學生1142人，其中博士研究生215人、統招碩士研究生365人、在職申請學位研究生46人，六年制本碩連讀學生516人。

學院近年來獲國家級教學成果二等獎1項、北京市教學成果一等獎2項、北京市教學成果二等獎2項；獲國家自然科學二等獎3項，國家科技進步二等獎2項，省部級一等獎8項、二等獎26項、三等獎12項，其他獎20余項；近五年發表論文1824篇（其中被SCI收錄的1248篇）。

藥學院與國際國內科研院所、制藥企業有著廣泛的合作與交流。與美國、英國、法國、德國、日本、荷蘭等國家及港澳臺地區等十幾所大學或公司建立了友好合作關系，聘請外籍名譽教授4名、客座教授12名，對內、對外交流的擴大和加深促進了藥學院整體地位與水平的穩步提高。

北京大學藥學院今后幾年的奮斗目標是：逐步發展為具有國際一流水平的藥學院。　

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