歷史沿革：植物保護學院的前身是甘肅農業大學原農學系植物保護專業，已走過了60年的辦學歷程。學院始建于1959年并于同年開始招收植物保護本科專業。1980年成立植物保護系，1996年開始招收碩士研究生。2003年12月并入草業學院，2016年5月成立植物保護學院。
辦學條件：學院是農業部農藥登記田間藥效試驗認證單位，有植物保護省級重點學科、甘肅省農作物病蟲害生物防治工程實驗室，植物保護專業為甘肅省特色專業。學院現設有植物病理學、昆蟲學和農藥學三個教學系，植物保護實驗教學中心實驗室面積2000余平方米，具有良好的實驗儀器設備，在國內多家企業設有實踐教學和就業創業基地。有植物保護、森林保護、植物保護（植物醫學）3個本科專業（方向），有作物保護博士學位授權點和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、作物保護碩士學位授權點，1個農業碩士專業學位（植物保護領域）授權點，是甘肅省自學考試植物保護專業應用型專科和植物保護與檢疫專業應用型本科的主考單位，形成了本科教育、研究生教育和成人教育相結合的多層次多規格辦學格局。
師資力量：學院現有教職工31人，其中，有教學科研人員27人，教授7人、副教授和副研究員12人；博士20人、碩士2人。聘請國內外兼職教授和創業導師8人。省級跨世紀學科帶頭人、“333”、“555”創新人才工程人選和領軍人才7人，甘肅省優秀教師3人，甘肅省教學名師1人，全國五一勞動獎章獲得者1人，全國三八紅旗手1人，甘肅省青年教師成才獎7人。在國家級學術團體任職5人，在省級學術團體任職7人。形成了一支實力雄厚、職稱結構和年齡結構合理的高素質學術隊伍，入選甘肅省省級教學團隊。
科學研究：學院底蘊深厚、特色鮮明。“十二五”以來，學院緊緊圍繞“西部大開發”戰略、“絲綢之路經濟帶”建設和農業“減藥增效”目標，利用學校所處地區的區位優勢和人才優勢，針對青藏高原及中西部干旱地區的病蟲害持續控制的基礎理論和應用技術深入開展研究，在農業害螨分類及抗性機理、植物病原真菌分類及病原區系、特色作物及草地病蟲害綜合治理等研究領域處于國內先進水平或領先水平，形成了自身的研究特色。取得了一批重要的科研成果。承擔各類科研項目80余項，其中國家級及中央各部位項目30余項。獲國家科技進步二等獎1項，省部級獎30余項，申請國家專利20余項，制定甘肅省地方標準10余項，育成抗蟲品種2個。發表論文400余篇，其中核心刊物300篇，SCI和EI收錄40余篇。主編教材及專著10余部。目前主持國家自然科學基金、國家重點研發計劃、國家農業行業專項、甘肅省科技支撐、甘肅省科技攻關等項目50余項。
培養特色：植物保護、森林保護、植物保護（植物醫學）專業（方向）立足西北，面向全國，倡導公共植保、科技植保和綠色植保新理念，以治療、預防植物疾病和提高植物機體健康為目的，以服務國家糧食安全、食品安全和生態安全為根本任務，掌握有害生物發生為害規律、植物生長異常診治、植物保健、森林保護的專業理論和現代專業技能，人才培養具有明顯的區域特色和專業優勢。

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