經濟系始建于2002年，當年開始招收國際經濟與貿易本科專業；2004年開始在社會醫學與衛生事業管理碩士研究生專業開設衛生經濟、醫藥貿易方向；2012年4月經學校批準成立經濟系，下轄經濟學教研室、數學與統計學教研室；2013年開始招收保險學（健康保險）本科專業。目前還開設國際經濟與貿易專業的成教本科和專科。
經濟系開設的專業既體現了本學科的一般特點，又體現了醫藥和衛生事業的特點，特別是在課程設置和人才培養上具有鮮明的特色。截止2013年7月，已培養了1000多名畢業生。由于畢業學生理論基礎扎實，綜合素質高、實踐能力強,深受社會各界歡迎，畢業生年均就業率在98%以上。有幾十名畢業生考入清華大學、北京大學、中國人民大學、北京師范大學、中國政法大學、中國對外貿易大學、中山大學、暨南大學、華南師范大學以及國外、港澳地區的多所大學攻讀研究生學位。目前在校本科生700多人。
經濟系的教師隊伍由專職教師和兼職教師組成。其中專職教師15人，除1人為本科學歷外，其余老師均具備碩士學位或博士學位，2位教師曾有英國或美國學習經歷，1位老師獲澳大利亞新南威爾士大學商學碩士。專業教師中，教授1人，副教授3人，講師11人。兼職教師10多人，主要來自政府機構、大型企業、醫療機構的領導和相關專業人員。
經濟系堅持科學研究與教學、社會服務緊密結合，初步形成了具有特色的科學研究領域，在衛生經濟、服務貿易、藥品價格等領域的研究取得了一定的成果。近10年來，主持衛生部、中國衛生經濟學會、廣東省科技廳、廣東省教育廳、廣州市社會科學規劃辦公室、廣東省中醫藥局等各級別課題30多項，發表學術論文200余篇, 主編（副主編）出版了《現代衛生經濟學》、《新編衛生經濟學》、《衛生經濟學》、《衛生法學》、《醫藥市場營銷學》、《醫藥國際貿易》、《醫藥保險學》、《醫藥數理統計學》等教材。
成立了電子商務實驗室、經管類綜合實驗室、個案討論室等專業實驗室，同時還建立了與心理學、行為觀察、藥學等相關的實驗室。購買了國際貿易實務、國際結算、電子商務、商務函電、市場營銷、保險實務、會計學等相關的教學軟件，開展模擬教學和實驗、實訓。
在充分利用學校教學基地的基礎上，開拓了適合專業特點的各類實習點、實習基地和教學基地。已建立廣東省食品藥品監督管理局、廣州市食品藥品監督管理局、廣東省藥品招標采購中心、廣州市國際醫藥港有限公司、廣東省醫藥價格協會、珠江鋼琴廠、廣州醫藥集團有限公司等20多個教學與實踐基地，聘任了一批具有實踐經驗的醫藥貿易與衛生管理干部擔任兼職教師。
所有專業必修課程均按精品課程的標準進行建設；所有專業基礎課和專業課都編寫了教學大綱，部分課程編寫了教學參考資料并建立了試題庫；全體教師都積極運用電化教學手段和研制多媒體課件；選用全國規劃教材、專業統編教材、教育部推薦教材，保證教材的質量；積極參與全國教材的編寫，同時編寫輔助教材、講義；積極開展教學資源庫建設，資源庫包括了相關課程的內容、參考資料、相關書目和雜志、相關網絡、經典案例、經典文獻、思考題、師生互動平臺等。