徐州醫科大學基礎醫學院始建于1962年，時稱基礎課部，后稱基礎醫學部，2006年更名基礎學院，2014年易名基礎醫學院，并成立生物科學系，2019年生物科學系單獨建院。經過五十余年的建設和穩定發展，學院已成為我校歷史最長、學科優勢明顯、師資力量雄厚、辦學條件優良的二級學院。  

生物學學科現為博士學位授權一級學科，并于2014年獲準設立博士后科研流動站，基礎醫學學科是碩士學位授權一級學科。2011年，生物學成為首批江蘇省高校優勢學科建設工程立項學科。2014年，生物學、基礎醫學與藥學學科等交叉融合的醫藥生物學學科入選為江蘇高校優勢學科建設工程二期項目。2018年，基礎醫學學科入選江蘇高校優勢學科建設工程三期項目。以生物學為龍頭、基礎醫學為重點的交叉融合、協調發展的優勢學科體系推動了學院的跨越式發展。

學院擁有一支學科、學緣、學歷、職稱結構合理，朝氣蓬勃，愛崗敬業的師資隊伍。目前在崗教職員工222人，其中專任教師167人，實驗技術人員51人，專職行政管理人員4人。學院專任教師中，教授24人（占14%），副教授49人（占29%）；博士生導師11人，碩士生導師75人；35歲以下青年教師中，具有碩士以上學位達100%。學院自建院以來擁有“全國優秀教師”2人，“江蘇省高等學校教學名師”2人；享受“國務院政府特殊津貼”13人；“教育部新世紀優秀人才”3人；“國家級有突出貢獻的中青年專家”1人，“江蘇省有突出貢獻的中青年專家”8人；“江蘇省特聘教授”9人。

學院下設教研室8個、國家級實驗教學示范中心1個、省級實驗教學示范中心3個，承擔全校醫、理、工、管四個門類28個專業的本科生、留學生、繼續教育等各層次的基礎醫學和生物學課程的教學工作。學院現有省級一流本科課程3門，省級本科高校在線開放課程4門，愛課程國際平臺課程1門；主編/副主編教材23部，其中主編教育部“十二五”國家級規劃教材和省級重點教材6部。五年來，圍繞以學生為主體、能力培養為目標的宗旨，學院承擔各級教育教改研究課題32項，其中省級高等教育教改研究課題2項（重點項目1項）；發表教育教學研究論文51篇；獲得省級教育教學成果獎6項。

學院1985年開始培養碩士研究生，1996年開始聯合培養博士研究生；2010年生物學和基礎醫學成為碩士學位授權一級學科，2013年生物學成為博士學位授權一級學科。學院現有省重點實驗室3個（江蘇省腦病生物信息重點實驗室、江蘇省免疫與代謝重點實驗室、江蘇省醫學基因檢測工程研究中心）、徐州市重點實驗室3個（生理功能與損傷重點實驗室、臨床與實驗病理學重點實驗室、感染與免疫重點實驗室）、科研實驗中心1個（生物化學與分子生物學研究中心）。近5年，承擔科研項目150余項，其中國家自然科學基金項目55項（面上項目占50%）；發表SCI收錄論文300余篇，最新科研成果發表在Hepatoltgy、Microbiome、Semin Cancer Biol、PNAS、J Neurosci等國際權威期刊；獲得國家自然科學獎二等獎1項、省部級科技成果獎二等獎3項；已授權國家發明及實用新型專利20項。學院發揮學科和專業優勢，成立了江蘇省徐州醫學院法醫司法鑒定所和徐州市病理會診中心，積極開展社會服務工作。學院還積極推動科研成果轉化，與貴州醫科大學合作研發的工程蠅生產優質蛋白技術業已成熟；以工程蠅幼蟲為生物轉換器，對玉米秸稈等有機廢物資源化構建的生態治理綜合利用生態農業體系已初具規模。 

學院全體教職工緊密圍繞學校建設特色鮮明的、國內先進的高水平醫科大學的目標，不斷深化教育教學改革，夯實教學質量；以學科建設為依托，大力加強師資隊伍建設，提高科研水平；進一步加強作風建設，提高服務社會水平?；A醫學院一如既往開拓創新，與時俱進，全面推進人才培養、學科建設、科學研究等各項事業全面協調、可持續發展。