黑龍江大學是全國高校中最早開設思想政治理論課，對大學生進行系統的馬克思主義理論教育的學校之一。早在1950年哈爾濱外國語專科學校時期，就設立了馬克思主義理論教研室，對大學生進行系統的馬克思主義理論教育。

1958年黑龍江大學成立時，在原馬克思主義理論教研室的基礎上成立了黑龍江大學哲學系，全校的馬克思主義理論課教學工作由哲學系承擔（其中1964年、1972年曾兩次從哲學系中分離出馬列教研室，作為學校黨委支屬的獨立機構），這種情況一直持續到文革結束。文革后馬列主義教研室從哲學系分離出來，成為單獨的教學機構。

1979年9月，校黨委批準成立馬列教研部，下設4個教研部，負責全校思想政治理論課教學工作。

2006年12月，黑龍江大學在原馬列教研部的基礎上，通過整合哲學、歷史學、經濟學等相關學科的資源，成立馬克思主義學院。馬克思主義學院下設馬克思主義基本原理教研部、思想政治教育教研部、馬克思主義中國化研究教研部、國際關系教研部、中國近現代史綱要教研部等5個教研部。

2010年學校將“形勢與政策”課程的教學工作劃入馬克思主義學院后，馬克思主義學院將原來的國際關系與中國近現代史教研部分開，設立了中國近現代史綱要教研部和國際關系教研部。同時學院還設有黑龍江省“兩課”教師和政工干部培訓中心。

2015年9月我院成立“習近平系列重要講話精神教研部”。

2017年11月在“習近平系列重要講話精神教研部”的基礎上成立了“習近平新時代中國特色社會主義思想教研部”

2017年11月15日，經學校同意，我院又成立了：習近平新時代中國特色社會主義思想研究院。

2017年獲批馬克思理論一級學科

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