我校發酵工程學科隸屬于輕工技術與工程一級學科的二級學科，是2005年被國務院學位委員會批準為具有碩士學位授權學科，目前有三個研究方向。分別是1）發酵微生物的篩選與代謝調控，是以篩選、誘變以及生物技術為手段，以糧食（玉米、大豆）深加工和改良傳統發酵食品和食藥用真菌功能特性為目的，研究、改造、開發具有工業應用價值的微生物菌種。2）生物化工與發酵工藝優化，以有工業應用價值的微生物菌種為出發菌株，解決利用微生物生產工業產品的工藝技術問題，進而獲得微生物發酵新產品達到新資源的開發。3）代謝產物的分離與純化技術，以凝膠色譜、離子交換色譜、膜分離技術等手段進行發酵產物提取、分離、精制的工程技術理論和實踐應用研究。
　　發酵工程學科現有教師10人，其中教授1人，副教授4人，講師4人，具有博士學位6人，碩士學位4人。2005年以來承擔國家“自然基金”課題1項、 國家科技部“863”課題1項、國家科技部“十一五”科技支撐項目3項、國家科技部農業成果轉化基金課題2項，吉林省重大攻關課題2項，吉林省科技廳重點課題3項、長春市科技局課題1項，吉林省教育廳課題3項，在國內外發表論文57余篇，其中7篇被SCI收錄。獲得省科技進步獎3項，編寫教材和論著4部。自2007年開始招生以來，現共有40名碩士研究生在讀。
　　發酵工程學科實驗室面積近300m2，擁有專業無菌室、工業微生物、發酵工藝和分離提取三個實驗室，擁有啤酒中試車間、5L發酵罐、10L發酵罐50L發酵罐各一臺，1700紫外分光光度計、大型搖床、超低溫冰柜、電泳儀、50L滅菌器、中空纖維過濾系統、厭氧培養箱、大容量冷凍離心機、生化培養箱、恒溫恒濕培養箱、顯微鏡等設備，保障本學科的教學和科學研究。