學院前身為2000年成立的現代農業工程學院和2013年成立的云南省食品安全研究院，2018年11月合并組建為農業與食品學院。目前有農業機械化及其自動化、農業水利工程、食品科學與工程（“雙萬計劃”省級一流本科專業點）、食品質量與安全四個本科專業，和農業工程、食品科學與工程2個一級學科碩士點、6個二級學科碩士點、 2個工程碩士授權領域。學院現有教師58人，其中專任教師45人，教授10人，副教授19人，高級工程師1人，高級實驗師2人，講師14人；博士學位獲得者36人，博導3人；云南省“千人計劃”青年人才5人、云南省“萬人計劃”青年人才8人、云南省中青年學術與技術帶頭人3人、云南省中青年學術與技術帶頭人后備人才2人、昆明市中青年學術和技術后備人選1人。
學院現有科研平臺：云南省特色果蔬健康產品工程研究中心、云南省高校高原特色果蔬加工工程研究中心、云南高原特色果蔬加工公共科技服務平臺、云南省高校中藥材機械化工程研究中心、云南省高校特色作物高效用水與綠色生產重點實驗室、云南省高校食品資源生物功能因子研究開發科技創新團隊、趙春江院士工作站、昆明市食品高值化加工及安全評價重點實驗室、季節性旱區農業高效用水創新團隊、高原特色現代農業裝備與技術學科方向團隊、高原旱區農業節水理論與技術學科方向團隊、食品安全分析與檢測技術學科方向團隊、食品精深加工與副產品高值化利用學科方向團隊。

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