馬克思主義學院是內蒙古醫科大學黨委直接領導下的，在原思想政治理論教研部基礎上成立的具有一定人文社會科學教學與科研基礎的二級學院。下設綜合辦公室（含教科研辦公室）及德育教研室、民族理論與民族政策教研室、中國近現代史綱要教研室、馬克思主義基本原理教研室、當代馬克思主義教研室、形勢與政策教研室、人文素質教育教研室、大學語文教研室8個教研室及思想政治理論課實踐教學中心。承擔著全校本科生、專科生及研究生的38門（包括16門必修課和22門選修課）思想政治理論課和人文素質教育課的教學任務。
學院在學校的正確領導和大力支持下，在全體教職工愛崗敬業的努力工作中，牢固樹立“博學、惟真、崇德、育人”的教育教學理念，牢固樹立“和諧共進，求實創新”的學院風貌，緊緊抓住加快學院改革發展這一主題，以社會主義核心價值觀為指導，以學科建設為龍頭，以教學改革為重點，以隊伍建設為關鍵，以課程建設為先導，以科學研究為支撐，從轉變精神風貌入手，著力提升人才培養質量，著力提升科研學科水平，著力推進崗位制度改進，努力開創新局面。營造了團結、和諧、奮進、創新的氛圍，取得了建設與發展的新成績，為馬克思主義學院今后的發展奠定了重要基礎。
學院現有教師41人。教授4人、副教授10人，講師14人，助教13人，分別占師資總數的9.8%、24.4%、34.1%、31.7%。在學歷結構方面，博士學位獲得者4人，在讀博士1人，碩士32人，碩士以上學歷的教師占教師總數的88%；教師中獲得全區高校思想政治理論課“精彩一課”優秀課堂教學成果二等獎1人，內蒙古自治區高校“優秀共產黨員”1人，內蒙古自治區優秀德育工作者1人，全區高校優秀輔導員1人，全區高校青年教師課堂技能大賽文科組一等獎、二等獎各1人，自治區“五一”勞動獎章、內蒙古自治區青年能手1人，全區大中專學生志愿者暑期“三下鄉”社會實踐活動優秀指導教師1人，校級青年教師教學課堂技藝大賽三等獎及優秀獎10人，全區及校級其他各類獎項數十人次。已逐步形成一個高學歷、高素質、多學緣、多層次，以高級職稱的教師為骨干、高學歷的青年教師為主體、梯隊結構合理、研究方向寬廣而穩定的、具有綜合優勢的學術群體。
學院近五年共發表省級期刊以上論文140余篇，其中核心期刊論文30余篇；主編、參編教材10多部；獨撰和參撰著作20部；參與教育部人文社會科學規劃課題1項，主持內蒙古教育廳十一五規劃課題9項，主持內蒙古自治區高校馬克思主義中國化重點研究基地項目1項，主持內蒙古教育廳高校人文社科研究課題5項，主持內蒙古教育廳思政專項研究課題5項，主持內蒙古社科聯研究課題1項，主持校級重大課題2項、青年課題3項、校級教改課題8項、思政類專項近30項，等等；榮獲自治區政府哲學社會科學優秀成果政府獎4項，其他各級各類科研獎項10余項。
學院堅持“一個關鍵”、“兩條主線”，努力實現“三個加強”、“四個轉變”的發展思路，不斷深化教學改革力度，在教學科研方面實現了跨越式的發展。“思想道德修養與法律基礎”、“民族理論與民族政策”、“中國近現史綱要”、“馬克思主義基本原理”、“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”、“大學語文”、“中國傳統文化”7門課程被評為校級精品課。已初步形成了以思政課建設為核心，以人文素質課、人文社會科學系列講座為有機組成部分的“大思政課”格局。在以教學為中心的同時，注意教學科研并重，根據不同的研究方向，成立以教研室為基礎的科研課題組，形成相對穩定的科研團隊，提供專題式教學、辯論式教學、學導式教學、問題式教學和案例式教學以相應的科研支撐，從而形成教學促進科研，科研提升教學的良性互動局面。
馬克思主義學院的成立，為我校馬克思主義理論學科的發展帶來了新的機遇。馬克思主義學院將克服困難，著眼未來，頂層設計，以打造高水平思政課教師隊伍為關鍵，以提高思想政治理論課教學質量為中心，以申報馬克思主義理論一級碩士點建設為龍頭，以提升科研層次和能力為著力點，以科學規范的管理為保障，以寬松和諧的人際關系與學術環境為條件，以公平有序的競爭機制為手段，經過5-10年的努力，把馬克思主義學院建設成為在自治區本科院校中具有一定影響力的特色鮮明的教學研究性學院。