海洋生態與環境學院是上海海洋大學最年輕又最富有活力的學院，學院于2017年初由我校現有生態和環境學科的科研與教學力量整合重組而成。學院現有教職工75人，專任教師中正高級14人、副高級19人，中級27人。學院下設生態系和環境系。現有“環境科學”、“環境工程”、“生態學”3個本科專業， “海洋科學”、“生態學”和“環境科學與工程”3個一級學科碩士點。
學院現有“海洋工程裝備檢測試驗技術國家工程實驗室之海洋工程裝備船舶壓載水檢測實驗室”、“上海海洋大學船舶壓載水檢測實驗室岸基試驗基地”、“上海港口及近海生態環境科技服務中心”、“水域環境生態上海高校工程研究中心”等省部級平臺和“海洋環境監測與評價中心”等多個校級平臺，并與中國極地研究中心共建中國極地研究中心-上海海洋大學聯合實驗室等。
學院是我校上海市地方高水平大學建設的中堅力量，也是支撐我校“水產學”一流學科和“海洋科學”高原學科兩大優勢學科發展的重要力量。學院自成立伊始始終強化在海洋生態與環境學科的特色發展，重點聚焦近海環境與生態修復、水域環境與生態工程等領域，培育極地和深遠海環境與生態等研究方向，目標是到2020年初步形成具有特色的海洋生態與環境學科體系，2025年力爭將我校海洋生態與環境學科建成在國內外同類學科中具有一定影響力的學科。
近年來，學院在水域環境與生態、港航生態學與生物入侵防治、海洋觀測、海洋生態系統動力學及其數值模型、海洋生源要素通量及海洋污染與防治、海洋牧場工程、水域環境毒理學、水污染控制與處理、環境監測等研究方向逐步形成了優勢和特色。