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生物醫學工程專業畢業生可在管理機構和國家機關，醫學機構（臨床研究、高度專業化的醫學護理，管理） , 在醫療器械的使用、銷售和服務上，研究所，大學（基礎研究，教學），國際制藥、保健品企業（管理、研究和開發），私人機構和醫生合作，畢業生可直接參加高度專業化的醫學護理和解決臨床基礎研究的問題，由他們研制的器械和系統對于疾病的觀察、診斷、治療、緩解起著很重要的作用。據中華醫學會醫學工程學分會副主任委員呂忠生介紹，目前全國大約有6萬家醫院，醫學工程師只占醫院總人數10％，與國外30％的比率相差懸殊。作為醫學工程的最大產業，國內1萬多家醫療設備企業也急需醫學工程師。同時現代醫學技術的進步是和生物醫學工程學的發展也是分不開的，由此可見生物醫學工程專業有廣闊的就業前景。 據教育部2010年公布的本專科專業就業狀況顯示，生物醫學工程專業的就業率區間處于B+階段，畢業生規模4000-5000人，該專業的平均就業率≥85%。

據統計，生物醫學工程專業就業前景最好的地區有：1、北京、2、上海、3、廣州、4、深圳、5、南京、5、杭州、6、武漢、7、成都、8、濟南、9、鄭州，平均薪酬在4999元。

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