音樂系成立于2001年，已有17年的辦學歷史，現具有藝術學理論（音樂方向）和中國少數民族藝術（民族音樂方向）兩個學術碩士學位授權，還具有藝術碩士（音樂表演專業）學位授權。音樂系秉承學院“厚德博學、精藝尚美”的辦學理念，以致力于培養“立足云南、面向全國、輻射東南亞、聯通世界”的創新型藝術人才為宗旨，加強學生對音樂經典文獻、經典作品和原創性思想的學習，注重對各民族民間音樂的田野調查和研究，強調學生創造力的培養，在突出實踐性教學的基礎上，實現理論教學和實踐教學在具體課程和教育活動中的會通。通過循序漸進地接受音樂理論與實踐的基本訓練，使學生具有基本的音樂研究能力、表演能力、創作制作能力等。迄今為止，已經為音樂各相關行業領域輸送了280多名專門人才。
    音樂系現有專業教師17人，其中教授1人，副教授6人，講師7人，助教3人，涉及民族音樂學、音樂美學、音樂史學、作曲技術理論、鋼琴、聲樂、器樂等專業方向，教師隊伍中，有“千人計劃”海外特聘專家1人，云南大學中青年骨干教師1人。除此，音樂系聘請中央音樂學院、中國音樂學院、南京藝術學院、云南民族藝術研究所的專家學者作為客座教授。
    多年來，音樂系獲得國家社科基金藝術學重大招標項目1項、國家社科基金藝術學青年項目1項，省級哲學社科項目2項，省部級以上科研獎勵3項，代表性論文成果在CSSCI、北大核心期刊發表50余篇，出版專著、專輯、教材等20余部。師生參加各類音樂會演出260多場次，參加各類演出、比賽獲獎180余項。