浙江中醫藥大學藥學院始建于1986年，前身為中藥系，1999年更名為藥學系，2006年更名為藥學院。1986年設立中藥學專業，1994年設立中藥學本科專業，2000年設立藥物制劑專業，2001年設立藥學專業，2003年設立食品科學與工程專業（2018年轉設為食品衛生與營養專業），2011年設立中草藥栽培與鑒定，共5個本科專業，在校全日制本科生1500余人。其中中藥學專業為國家級特色專業、浙江省重點專業，并于2015年通過教育部專業認證；藥學專業為浙江省新興特色專業；藥物制劑專業為浙江省重點建設專業。中藥學學科為浙江省“重中之重”學科、浙江省一流學科（A類）、浙江省重點建設高校優勢特色學科，藥學學科為浙江省一流學科（B類），藥理學與毒理學學科為ESI全球前1%學科；中藥學教學團隊為浙江省教學團隊。
學院現設有浙八味、現代中藥與健康產品、中藥資源學等3個校級研究所；中藥制劑與炮制、中藥藥理學等10個院級研究所和教研室。擁有中藥學國家級實驗教學示范中心建設點、藥學省級實驗教學示范中心和中藥制劑實驗室、中藥資源工程學實驗室等6個浙江省重點專項實驗室；中藥學、藥學2個一級學科碩士點，有中藥學博士點和中藥學博士后科研工作流動站。經過30余年的建設與發展，藥學院已逐步建成以中藥學學科群為優勢和特色，以藥學和食品科學與營養學科群為基礎和支撐，具有一定國際影響、國內知名的教學研究型學院。
學院現有教職員工132人，其中正高職稱32人，副高職稱30人，博士生導師17人，碩士生導師22人。擁有中國工程院院士1人、享受國務院特殊津貼專家2人、國家重點學科帶頭人1人、國家“優青”獲得者1人、浙江省有突出貢獻中青年專家1人、浙江省“QR”入選者2人、浙江省“錢江學者”特聘教授4人，浙江省“新世紀151人才工程”入選者14人，浙江省高校中青年學科帶頭人9人，二級教授2人、浙江省教學名師1人，全國優秀教師1人、浙江省優秀教師3人。