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學校本科專業涵蓋醫學、理學、工學、文學、法學、管理學、教育學7個學科門類；建有碩士學位授權一級學科4個，碩士專業學位授權點3個；江西省優勢特色學科建設工程一流學科1個（培育），省高校“十二五”重點一級學科2個，省醫學領先學科1個。
江西省優勢特色學科建設工程一流培育學科（1個）：臨床醫學。
江西省高校“十二五”重點一級學科（2個）：臨床醫學、基礎醫學。 
碩士學位授權一級學科（4個）：臨床醫學、基礎醫學、藥學、醫學技術。
碩士專業學位授權點（3個）：臨床醫學、護理學、公共衛生。 

教學建設
截至2016年10月，學校建有國家特色專業2個，教育部、衛生部卓越醫生教育培養計劃2項，教育部專業綜合改革試點項目1項，國家級大學生校外實踐教育基地建設項目1個，省特色專業4個，省卓越醫生教育培養計劃2項，省卓越工程師教育培養計劃1項，省專業綜合改革試點項目6項，省高校人才培養模式創新實驗區3個，省高校優秀教學團隊4個，省高校實驗教學示范中心4個，省精品課程15門，省雙語教學示范課程3門，省精品資源共享課17門等110項各級各類本科教學工程項目。
國家特色專業（2個）：臨床醫學、麻醉學。
國家教育體制改革試點項目（1個）：探索“五年制”鄉鎮及社區醫務人員定向培養模式。
教育部、衛生部卓越醫生教育培養計劃試點項目（2個）：農村訂單定向免費醫學教育人才培養模式改革、“3+2”三年制專科全科醫生培養模式改革的探索。
國家級大學生校外實踐教育基地（1個）：贛南醫學院第一附屬醫院臨床技能綜合培訓中心。
教育部專業綜合改革試點項目（1個）：臨床醫學
江西省高校特色專業（4個）：公共事業管理、護理學、預防醫學、運動人體科學。
江西省高校教學團隊（4個）：人體解剖學與組織胚胎學教學團隊、第一臨床醫學院外科學教學團隊、藥理學教學團隊、超聲醫學教學團隊。
江西省本科人才培養模式創新實驗區（3個）：藥學類專業復合應用型人才培養模式創新實驗區、臨床醫學人才培養模式創新實驗區、麻醉學專業應用型人才培養創新實驗區。
江西省卓越工程師教育培養計劃（1個）：藥學
江西省專業綜合改革試點（4個）：臨床醫學、預防醫學、麻醉學、護理學.
江西高校實驗教學示范中心（3個）：醫學形態學實驗教學中心、臨床技能實驗教學中心、醫學機能學實驗教學中心、藥學實驗教學中心。
江西省高校雙語教學示范課程（3門）：生物化學、系統解剖學、醫學微生物學。
江西省精品資源共享課（17門）：預防醫學、人體解剖學、超聲診斷學、麻醉藥理學、病理學、生物化學、醫用物理學、流行病學、護理學基礎等。
江西省高校精品課程（15門）：生理學、生物化學、外科學總論、毛澤東思想與鄧小平理論和“三個代表”重要思想概論、藥理學、人體解剖學、眼科學、超聲診斷學、臨床麻醉學、病理學、管理學基礎、預防醫學、醫學微生物學、診斷學、麻醉藥理學