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截至2018年3月，該校有56個本科專業，涉及工學、理學、農學、
牡丹江師范學院9號宿舍樓
牡丹江師范學院9號宿舍樓
法學、文學、教育學、歷史學、經濟學、管理學和藝術學10個學科門類。
研究生教育有馬克思主義理論、中國語言文學、物理學、生物學、體育學、外國語言文學、數學、化學8個碩士學位授權一級學科，涵蓋29個碩士學位授權二級學科（方向），教育碩士、翻譯碩士、旅游管理碩士3種碩士專業學位授權類別，涵蓋18個領域。
學校建有中國語言文學等2個省級重點學科   。
硬件設施
截至2016年8月，該校固定資產總值逾9.18億元；教學
牡丹江師范學院圖書館
牡丹江師范學院圖書館
科研設備總值1.41億元；學校圖書館建筑面積2.03萬平方米，建有先進的數字圖書館和國際聯機文獻查新檢索系統，藏書220余萬冊，中外文期刊3000余種。
學校建有歷史博物館和牡丹江流域少數民族民風民俗館，總計10000余件牡丹江區域新石器至渤海國時期的石器、陶器等珍貴文物被該校陳列收藏  。
教學建設
質量工程
截至2014年10月，該校共有1個國家級特色專業，6個省級重點專業，3個省級實驗教學示范中心，1個省級人才培養模式創新實驗區，2個研究生培養創新基地   。
國家級特色專業：思想政治教育
省級重點專業：漢語言文學、思想政治教育、英語、物理學、音樂學、化學
省級教學團隊：思想政治理論課教學團隊、中國現當代文學教學團隊等
省級精品課：中國現當代文選、數學實驗、中華文學經典導讀、大學英語讀寫譯、高師教育學、數學分析、中國現當代文學、結構化學、基礎俄語、現代漢語、基礎英語II等
省級實驗教學示范中心：生物科學實驗教學中心、物理學實驗教學中心、教育學實驗教學中心
省級人才培養模式創新實驗區：黑龍江省外語類復合應用型人才培養模式創新實驗區