北京大學工學院生物醫學工程系成立于2005年。作為新的工學院的組成部分，生醫系從建系之初就致力于在工程科學的范疇內進行生命科學和醫學的前沿研究，迅速地建立了研究生教育教學體系，并在生物醫學工程研究方面取得了重要的進展。目前，已開展的重點研究方向包括：(1) 面向重大疾病的納米醫學; (2) 生物材料與再生醫學;(3) 生物力學和生物信息學; (4) 分子醫學影像學;(5)微創醫學; (6)神經醫學工程; (7) 移動/遠程醫學與健康信息學。建系以來，生醫系已具有雄厚的科研實力，先后承擔了國家重點基礎研究發展計劃(973)、國家高技術研究發展計劃(863)、國家自然科學基金、國際合作項目等一大批科研項目，科研總量逐年增長。

目前，生醫系已擁有一支朝氣蓬勃的中青年科研隊伍，其中教授4人，副教授4人，特聘研究員6人，全部具有海外留學經歷。他們活躍在生物醫學工程科研與教學的第一線，緊密跟蹤國際學術前沿，開展生物醫學工程高端領域的科研工作。

建系以來，生物醫學工程系與美國佐治亞理工大學、約翰霍普金斯大學、麻省理工學院、哈佛大學等國際著名院校建立了良好的教學和科研合作關系。其中，生醫系與美國佐治亞理工大學、埃默里大學進行廣泛的合作，在Coulter種子基金的支持下進行了生物醫學工程領域內不同研究方向的合作，并建立了全國首個由國務院學位辦正式審批通過的聯合博士學位項目，目前已招收兩屆來自中美兩地共30名博士生。

自2010年起，生物醫學工程系正式招收本科生，并啟動了本科生教學培養的一系列工作。本專業注重“強化基礎、重視素質、追求創新”，致力于培養具有扎實的理論基礎和專業知識、良好的綜合能力和創新意識的生物醫學工程領域的高素質、引領性的復合型人才。

生醫系還針對不同學科背景研究生深入開展碩士生、博士生培養，主要開設課程包括生物醫學工程概論、生物醫學工程的數學基礎、生物醫學工程的生物學基礎、生物傳感器和生物醫學儀器、生物醫學系統的建模和仿真、生物醫學材料、納米/微米和單分子技術、生物力學（固體、流體和細胞力學）、激光醫學、磁共振原理和序列設計基礎等。

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