生理學教研室是一個具有悠久歷史的教研團隊，創建于1918年，其創始人周頌聲教授當年從日本歸國，籌建了中國的第一個生理學專業教學研究室--“生理教室”，后逐漸發展為五十年代初的北京醫學院生理教研組（室），曾擁有一批卓有建樹的生理學家，其中有我國第一代“代謝生理學家”沈雋琪教授；“消化內分泌生理學家”王志均院士和“神經生理學家”韓濟生院士等等。

病理生理學教研室建于1954年，當時由李秀琴教授擔任教研室主任，蘇靜怡、伍貽經等為教研室骨干。

在九十年代末，隨著北京醫科大學與北京大學的重新合并，生理學教研室也與病理生理學教研室合并成為現在的生理學與病理生理學系。經過了近一個世紀的開拓和發展，生理學與病理生理學系在心血管、神經、代謝、消化、內分泌等系統的功能及機制研究中取得了長足的進步，為我國生理學和病理生理學的發展做出了顯著貢獻，并培養了上百名國內外相關學科領域的開拓者和帶頭人。生理學科于1989年首次被確定為重點學科，2007年被再次確認；生理學科于1981年成為國務院首批授予博士學位授予權的四個單位之一。

生理學與病理生理學系一直以來是基礎醫學院的優勢學科，多次全國學科評估中名列前茅。我國第一代“代謝生理學家”沈雋琪教授；“消化內分泌生理學家”王志均院士和“神經生理學家”韓濟生院士以及韓啟德院士和首批973項目負責人唐朝樞教授等多位國內外知名的專家和學者曾任教于此。2019年QS全球國際學科專業排名為21位，是國內生理學科唯一位于QS前50的單位。

信守生理學科的發展理念，繼承了光榮的傳統，并不斷發揚創新。使生理學科穩步發展，保持著學科優勢，幾十年來，生理學科培養了成千上萬的醫學生和幾百名生理學科教學和科研骨干人才。在心血管、神經、代謝、消化和內分泌等系統的功能研究中取得了長足的進步，為我國生理學科的發展做出了貢獻。

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