中國農業大學園藝學院的歷史可以追溯到民國初期，1923年京師大學堂農科門改稱國立北京農業大學并成立了園藝系，這是我國設立最早的高等學校園藝系之一。1999年6月，中國農業大學率先在全國成立了園藝學院。2001年新增園林專業。
目前，園藝學院下設果樹系、蔬菜系、觀賞園藝與園林系、園藝植物研究所、城鄉景觀規劃設計研究所和園藝政策經濟研究中心。
我院園藝學科于2000年成為首批國務院學位委員會批準的具有博士、碩士學位授權的一級學科博士點，設有博士后流動站。2012年園藝學被評為北京市重點一級學科，涵蓋果樹學、蔬菜學、園林植物與觀賞園藝等二級學科。其中，果樹學科為國家重點學科，也是首批“211工程”重點建設學科、首批博士點和博士后流動站點；蔬菜學和園林植物與觀賞園藝為北京市重點學科。此外，學院還具有農業碩士和風景園林碩士學位授予權。
園藝學院現有專職教師61人，其中教授29人，副教授21人，講師7人，教輔4人； 90%以上的專任教師都有在國外學習和工作的經歷。教師隊伍中入選國家“百千萬人才工程”第一、二層次人才1名；國家優秀青年基金獲得者1名；教育部“跨世紀/新世紀優秀人才支持計劃”獲得者7名；教育部“優秀青年教師教科獎勵基金”獲得者1名；國家級優秀教師1名；農業部有突出貢獻的中青年專家1名；國家現代產業技術體系崗位科學家 2名；北京市“科技北京百名領軍人才”入選者1名；北京市現代產業技術體系崗位科學家 5名；北京市教學名師2名；北京市“科技新星”入選者 3名；北京青年英才計劃獲得者2名；1位教授兼任國際園藝學會理事、中國園藝學會副理事長。
園藝學院已形成完整的學士、碩士和博士培養的教育教學體系。近5年授予學士學位751人（其中園林專業228人），授予碩士學位508人，授予博士學位138人。獲國家級優秀教學成果2項，北京市優秀教學成果2項；國家級精品課程1門，北京市精品課程2門；出版教材（教學用書）26部。指導學生獲得“中國風景園林學會大學生設計競賽”、“艾景獎”、“美麗獎”和“園冶杯”等國家風景園林規劃設計競賽6項。
根據學科性質和產業需求，園藝學科形成了園藝植物發育生理與品質調控、設施園藝與高效栽培技術、園藝作物生物技術與種質創新、園藝產品保鮮與采后技術、逆境生理與分子生物學和城鄉綠地規劃與園林設計等優勢和特色明顯的研究方向。“十二五”期間，園藝學院承擔國家級項目99項，省部級和境外合作項目110項，到帳科研經費總額達15348.8萬元。獲國家科技進步二等獎1項，省部級科技進步獎勵10項。發表SCI、EI收錄的論文303篇，其中IF大于5的論文56篇、IF大于9的論文4篇，ESI高被引論文1篇；CSCD收錄論文359篇；出版教材和學術著作65部，譯著4部。審定園藝作物新品種23個，農業部、林業部植物新品種授權13個；獲國家發明專利授權37項，實用新型專利授權2項；規劃設計軟件著作權1項。
目前，園藝學院承建有農業部“園藝作物營養與生理”重點實驗室，北京市“果樹逆境生理與分子生物學”、“設施蔬菜生長發育調控”和“花卉發育生物學與品質調控”重點實驗室，北京市“果樹良種繁育工程技術研究中心”以及“中國農業大學昌平蘋果農科教合作人才培養基地”和“中國農業大學壽光蔬菜農科教合作人才培養基地”等7個省部級教科平臺。
園藝學院已經與美國康奈爾大學、康涅狄格大學、伊利諾伊大學香檳分校、Texas州立大學、佛羅里達大學、密蘇里州立大學；日本弘前大學、島根大學；智利天主教大學；匈牙利布達佩斯考文紐斯大學等學校，以及新西蘭植物與食品研究所等機構建立了密切的合作關系。聘請國外客座教授1人；近5年共選派11位青年教師出國留學或進修；學科教師主持或參與了番茄、月季、百合、葡萄、杏、梨等國際合作項目近10項；先后主持國內外學術會議6次，出席國內外學術會議120余人次，接待國外教師與學生代表團80余人次。
園藝學院全體師生將秉承“園美麗九州，藝精濟民生”的院訓，緊密圍繞我國園藝產業可持續發展和建設世界一流學科的戰略定位，錨定園藝學科重點學術領域與產業核心技術需求，以學科建設為龍頭，以團隊建設為關鍵，以人才培養為根本，以科技創新為動力，凝聚人才，集中攻關，最終將中國農業大學園藝學科建成我國重要的園藝科學研究中心，重要的高層次創新型園藝人才培養基地，重要的園藝作物種質創新、品種改良和高效技術的創新平臺，綜合實力達到國際先進水平，成為世界一流學科。