藥學系始建于2002年，同年9月開始招收藥學專業四年制本科生，已畢業十屆學生共800余人，在校生380余人。現有教職工48人，專任教師39人，教授4人，副教授11人，獲得博士學位教師4人，在讀博士5人。藥學系教師畢業于北京協和醫學院、中國科學院、沈陽藥科大學、廣東藥科大學、四川大學、中南大學、重慶大學、天津大學、天津醫科大學、山西醫科大學等院校，部分教師有海外留學背景，學緣結構和年齡梯隊合理，專業學術水平較高，科研攻關能力較強。近年來參與、承擔各級科研項目30余項，發表科研論文200余篇，其中SCI收錄30余篇。現已形成心血管與老年藥理、藥物光譜分析、靶向藥物設計、藥物高通量篩選等幾個穩定的研究方向。
    藥學系下設6個教研室：藥理學教研室、化學教研室、藥劑學教研室、藥物化學教研室、藥物分析教研室和生藥學教研室；3個實驗室：藥學綜合實驗教學中心、藥理學實驗室和中藥標本室；系辦公室1個。目前主要承擔我院藥學專業本科教育和成人教育學院的專業基礎課、專業課和實驗課的教學任務，另外還為全院各專業開設藥理學和化學課程。
    藥學系現擁有山西省特色專業—藥學、山西省綜合實驗教學示范中心-藥學、山西省優秀教學團隊—藥理學、山西省精品課程和山西省精品資源共享課—藥理學、山西省教學名師和“131領軍人才”—宋曉亮。
    學生畢業實習基地包括中國藥科大學、浙江大學、中國中醫科學院、軍事醫學科學院、中國科學院、上海醫藥工業研究院、天津藥物研究院、成都中醫藥科學院、北京振東光明藥物研究院、北京市藥檢所等單位。學生畢業后主要在全國各地的制藥企業、科研院所、醫療衛生、教育培訓、醫藥監管部門等從事藥學相關工作，展現出較強的社會競爭力，深受用人單位好評。部分學生考取中國藥科大學、四川大學、華中科技大學、哈爾濱醫科大學、西安交通大學、中國海洋大學、浙江中醫藥大學、上海醫工院、沈陽藥科大學等國內知名醫藥院校的研究生。
    傳承醫藥文化，古今中西融匯。傳統與現代、東方與西方、傳承與創新、科學與人文在藥學系的發展進程中交相輝映、融會貫通、奔流不息。藥學院在繼承古老中醫藥文化的基礎上，扎根上黨，立足當前，學貫中西，著眼未來，將會在醫藥文化繼承、醫藥科學普及、醫藥文化傳播、中西醫藥交流等方面做出更大貢獻。具有鮮明傳統特點的中藥標本館和藥用植物園，將與現代新藥設計、臨床藥學服務等一起，承載著更為重要的歷史使命。