工業工程是一門工程技術與管理技術相結合的綜合性交叉學科，該專業主要開設基礎工業工程、機械工程基礎、管理學原理、統計學原理、系統工程學、管理運籌學、生產計劃與控制、生產系統建模與仿真、人因工程、質量工程、工程經濟學等課程，授予工學學士學位。目前，工業工程專業作為我校管理科學與工程類的主干專業，是淮陰工學院重點建設學科之一。該專業秉承“立足蘇北，融入長三角，服務全國，培養具有創新精神的高素質應用型人才”的辦學定位，以服務需求為導向、強化專業應用能力為主線、深化教學改革為動力、提高質量為核心，高度重視實踐教學，增強實踐教學在人才培養中的重要作用，培養具備現代工業工程和系統管理等方面的知識、素質和能力，具備生產系統規劃與設計、生產系統評價與優化、生產系統組織與實施等基本能力，能為事業單位、工商企業和復雜產品制造行業培養能夠從事現代工程管理、生產與運作管理和質量管理等方向的高素質工程技術應用型人才。
工業工程系成立于2012年，現有專任教師12名，其中教授（包括教授級高級工程師）2人，副教授4人，博士7人，碩士5人，具有研究生學位以上教師占比為83.3%，高級職稱教師占專任教師的比例為56%。專業教師中具有工業工程師和國際項目管理師資格等各類執業資格/職業資格/雙師型資格認證10人次，1名教師入選江蘇省“青藍工程”中青年學術帶頭人培養對象。近五年來，申報發明專利40余項，已獲批8項。完成教學改革項目8項，編寫教材3部，出版專著4部，2門課程被評為校級精品課程。教師承擔國家自然科學基金、國家社會科學基金、教育部人文社會科學基金等縱向科研項目7項，橫向項目18項。
目前，本專業建設有精益道場實驗室、生產計劃與仿真實驗室、人因工程實驗室、質量管理與控制實驗室，同時還與天能集團(江蘇)公司、淮安蘇果配送中心、順豐物流公司和淮安澳洋順昌電子科技有限公司等多個企業合作建立了產學研基地，為就業奠定堅實的理論和實踐基礎。