環境科學與工程學院成立于2007年，現有環境工程、水務工程和環境工程（中加班）專業，在校生 600人。2012年開始招收車輛工程領域機動車污染控制與防治技術方向、電氣工程領域電力環保和能源電力系統規劃方向的專業碩士研究生，與華北電力大學、桂林理工大學、浙江工業大學等高校聯合培養研究生30余人，2019年在光學工程領域環境光學方向招收專業碩士研究生。
學院現有教學科研人員60人，其中加拿大工程院院士1人，教育部長江學者特聘教授2人，國家杰出青年基金獲得者2人，國家“萬人計劃”領軍人才1人，閩江學者2人，福建省教學名師1人。學院教師隊伍結構合理，素質精良，專職教師中43%具有海外學術背景，57%具有高級職稱，90%具有博士學位，96%為雙師雙能型。此外，學院還聘請了多名國內外院士、環境領域知名學者、企事業單位專家為我院客座教授。
學院教學科研硬件基礎雄厚，擁有4000平方米的專業實驗室，價值4000萬元的專業實驗設備和儀器。建設有福建省農村污水處理與用水安全工程研究中心（省級）、環境生物技術福建省高校重點實驗室（省級）等9個科研平臺。研究領域涉及環境污染控制、流域綜合管理、能源系統規劃、氣候變化等。并形成了污水處理、飲水安全、海綿城市建設以及環境系統分析等特色方向。近年來，承擔了國家及省部級各類科研項目200余項，在國際SCI雜志上發表論?100余篇，授權發明專利20余項，科研經費達3000萬元。獲省部級科技進步二等獎1項，廈門市科技進步二等獎2項，市專利獎1項等。
學院秉持“以學生為本，為產業服務”的辦學理念，注重國際交流與合作，根據社會和行業需求，積極探索校企和國際合作辦學，著力構建實踐性、創新型的人才培養體系。已與加拿大麥克馬斯特大學、里賈納大學、日本北海道大學、臺灣中原大學、成功大學、香港公開大學等多所高校建立了良好的合作交流機制；與省內外近20家企事業單位共建了研究生聯合培養基地，吸收不同學科領域的專家學者和實踐領域有豐富經驗的專業人員作為校外導師，共同承擔學生的培養工作。一批優秀的學生被加拿大里賈納大學、丹麥科技大學、北京師范大學、華北電力大學等國內外高等學府錄取。